数据集概述
本数据集来自鱿鱼神经系统转录本A-to-I RNA编辑研究，展示了鱿鱼（Doryteuthis pealeii）神经系统中多数转录本存在广泛的A-to-I RNA编辑现象。通过生物信息学方法结合验证，识别出神经系统中57,108个编辑位点，影响多数研究蛋白，且编辑具有组织依赖性，富集于神经和细胞骨架功能基因，为脑生理学研究提供数据支持，包含4个相关文件。
文件详解
- README文件（文档类）
- 文件名称：
README_for_EisenbergSI_Data1.txt、README_for_EisenbergSI_Table1.txt
- 文件格式：TXT
- 字段映射介绍：说明数据背景与实验方法，包括Illumina测序（鱿鱼巨纤维叶GFL和视叶OL组织RNA，各约8700万对端100nt reads）、Trinity转录本组装参数（min_kmer_cov设为2）等实验细节。
- 数据文件（序列类）
- 文件名称：
EisenbergSI_Data1.txt
- 文件格式：TXT
- 字段映射介绍：包含转录本序列信息，每条序列以
>comp[编号]_c[编号]_seq[编号]开头，标注OrfStart、OrfEnd、Strand及同源蛋白信息（如sp|Q9Y3E5|PTH2_HUMAN），后接核苷酸序列。
- 表格文件（数据类）
- 文件名称：
EisenbergSI_Table1.xlsx
- 文件格式：XLSX
- 字段映射介绍：推测为研究相关的结构化表格数据，可能包含RNA编辑位点统计、基因功能注释或组织特异性编辑分析结果（具体字段基于研究内容，如编辑位点编号、基因名称、组织类型、编辑效率等）。
数据来源
论文“The majority of transcripts in the squid nervous system are extensively recoded by A-to-I RNA editing”
适用场景
- 分子生物学研究：分析鱿鱼神经系统中A-to-I RNA编辑的机制与功能，探究其对蛋白异构体多样性的影响。
- 神经科学研究：研究RNA编辑在鱿鱼脑生理学（如神经信号传导、细胞骨架功能）中的作用。
- 生物信息学方法验证：验证A-to-I RNA编辑位点识别的生物信息学流程，优化转录本组装与编辑位点检测算法。
- 比较基因组学分析：对比鱿鱼与其他物种（如哺乳动物、果蝇）的RNA编辑频率与分布差异，探索进化保守性。
