数据集概述
本数据集为濒危物种Ellobium chinense的种群遗传特征研究数据，基于COI基因序列和微卫星标记分析其遗传多样性、种群结构及更新世扩张历史，同时识别与G-四联体构象相关的四个COI鸟嘌呤热点。数据支撑种群遗传学、进化生物学及保护生物学研究。
文件详解
- 补充信息文档
- 文件名称：Shin_et_al_Supplementary_Information_Online_Final_submitted.docx
- 文件格式：DOCX
- 字段映射介绍：包含研究的补充方法、结果说明及相关背景信息，辅助理解数据内容。
- COI序列数据
- 文件名称：Data_S1_COI_sequences_of_140_individuals_of_Ellobium_chinense.fas
- 文件格式：FAS
- 字段映射介绍：存储140个Ellobium chinense个体的COI基因序列，包含个体编号及对应的核苷酸序列。
- COI单倍型序列数据
- 文件名称：Data_S2_58_COI_haplotype_sequences_of_Ellobium_chinense.txt
- 文件格式：TXT
- 字段映射介绍：记录58个COI单倍型序列，格式为FASTA，包含单倍型编号及对应的核苷酸序列。
- 协方差计算结果
- 文件名称：Data_S3_Co-variance_calculation_result.xlsx
- 文件格式：XLSX
- 字段映射介绍：包含COI鸟嘌呤热点间的协方差计算结果，用于分析热点间的关联程度。
- QGRS保守基序预测结果
- 文件名称：Data_S4_QGRS_Conserve_motif_prediction_result_(Correction_needed).xlsx
- 文件格式：XLSX
- 字段映射介绍：存储G-四联体形成基序（QGRS）的预测结果，包含基序位置、序列及保守性分析。
数据来源
论文“Shin CR, Choi EH, Kim G. et al. (2021). Characterization of metapopulation of Ellobium chinense through Pleistocene expansions and four covariate COI guanine-hotspots linked to G-quadruplex conformation. Scientific Reports 11: 12239.”
适用场景
- 种群遗传学研究：分析Ellobium chinense的遗传多样性、种群结构及更新世扩张历史。
- 进化生物学研究：探究COI基因中四个鸟嘌呤热点与G-四联体构象的关联及进化意义。
- 保护生物学研究：为濒危物种Ellobium chinense的保护策略制定提供遗传数据支撑。
- 分子生态学研究：分析种群遗传结构与环境因素（如黑潮暖流）的关系。
- 生物信息学分析：验证COI基因序列中热点区域的协方差及基序预测方法的有效性。
