数据集概述
本数据集为新热带区枯叶觅食蚁鹩（Epinecrophylla属）的系统发育研究数据，基于超保守元件（UCEs）大规模平行测序，包含该属8个物种的亚种级系统发育树、种群遗传分析及修订分类相关的原始与处理数据，共8个文件，支持鸟类分类学与生物地理学研究。
文件详解
- 核心分析文件
- 文件名称：UCE_gene_trees-RAxML.tre
- 文件格式：.tre
- 字段映射介绍：RAxML构建的UCE基因树文件，记录基于超保守元件序列的基因层面系统发育关系
- 信息位点文件
- 文件名称：150_most_informative_loci.txt
- 文件格式：.txt
- 字段映射介绍：包含150个信息位点的UCE文件列表（如uce-7476.nexus等），记录系统发育分析中关键的基因位点
- 系统发育数据压缩包
- 文件名称：Phylogenies_primary.zip、Phylogenies_supplemental.zip、Phylogenies_SNAPP.zip
- 文件格式：.zip
- 字段映射介绍：分别包含主要系统发育分析、补充系统发育分析、SNAPP方法分析的相关数据压缩包
- 线粒体DNA时间估计文件
- 文件名称：Epinec_divergence_time_estimate_mtDNA_alignment.xml
- 文件格式：.xml
- 字段映射介绍：线粒体DNA序列比对的分歧时间估计元数据文件
- 序列比对压缩包
- 文件名称：Alignment.zip
- 文件格式：.zip
- 字段映射介绍：包含序列比对数据的压缩包
- 测序处理配置文件
- 文件名称：illumiprocessor_conf_files.zip
- 文件格式：.zip
- 字段映射介绍：illumiprocessor工具的配置文件压缩包
数据来源
论文“Systematics of a Neotropical clade of dead-leaf-foraging antwrens (Aves: Thamnophilidae; Epinecrophylla)”
适用场景
- 鸟类系统发育研究: 基于UCE基因树与种群遗传数据，分析Epinecrophylla属蚁鹩的分类关系与演化历史
- 生物地理学分析: 结合亚马逊流域水系分布，探究地理隔离对该属物种遗传结构的影响
- 分类学修订参考: 利用系统发育结果与种群遗传证据，支持鸟类分类系统的修订工作
- 分子演化研究: 通过分歧时间估计与基因位点分析，研究新热带区鸟类的演化速率与适应机制
