数据集概述
本数据集包含基于全原子分子动力学模拟的研究数据，核心探究二价阳离子（如钙、镁）与磷脂酰肌醇（如PI(4,5)P2、PI(3,5)P2）的相互作用机制，以及其对双层膜纳米簇起始的离子和异构体特异性影响，为膜信号复合物形成的分子机制研究提供数据支持。
文件详解
该数据集包含16个文件，涵盖模拟输入、结构、输出及说明文档，具体如下：
- 模拟结构与拓扑文件:
- .gro格式文件（s1.gro、s2.gro、s3.gro、s4.gro、s5.gro）: 各模拟体系（如PI(4,5)P2与Ca²+、Mg²+、Na+，PI(3,5)P2与Ca²+、Mg²+）的结构文件
- .top格式文件（s1.top、s2.top、s3.top、s4.top、s5.top）: 各模拟体系的拓扑文件
- production.mdp: 模拟参数文件
- charmm36.ff.zip: CHARMM36力场压缩包
- 结果与说明文件:
- SV1.mp4、SV2.mp4: 模拟过程可视化视频文件
- SI-v2.pdf: 补充信息PDF文档
- README.txt: 数据集说明文档，包含模拟体系（s1至s5）的实验设计与数据内容概述
适用场景
- 生物物理研究: 分析二价阳离子与磷脂酰肌醇的相互作用机制
- 膜生物学研究: 探究双层膜纳米簇起始的离子和异构体特异性规律
- 分子动力学模拟方法验证: 基于模拟数据优化膜系统的模拟参数与力场选择
- 信号通路机制研究: 辅助解析膜表面功能信号复合物形成的分子基础
