数据集 - 海数据

gmxapi_Based偏差抑制集成优化示例数据

2026年2月1日 30 192 157

数据集概述本数据集提供使用gmxapi 0.2进行偏差抑制集成优化的示例输入文件，包含JSON配置、Shell脚本、Python工作流脚本及GROMACS拓扑文件，共4个文件。数据支持复现相关研究，适用于分子动力学模拟优化场景。文件详解 pair_dist.json 文件格式：JSON...

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HIV_1_Vpr_Based_蛋白构象动力学与脂质双层离子通道模拟数据

2026年1月22日 30 109 10

数据集概述本数据集为HIV-1 Vpr蛋白在脂质双层中构象动力学研究的分子动力学模拟文件，包含模拟所需的输入、参数及运行文件，支持离子通道建模相关分析，共包含2个文件。文件详解文件名称：README.txt 文件格式：TXT...

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DPPC_Slipids_Based_全水合磷脂双分子层MD模拟数据_原始文件

2026年1月20日 30 207 181

数据集概述本数据集包含全水合DPPC磷脂双分子层的分子动力学（MD）模拟轨迹及相关文件。采用Slipids力场与Gromacs 4.6.6软件，模拟条件为温度323K、128个脂质分子、3840个TIP3P水分子，共10个文件，涵盖模拟参数、结构、轨迹等关键数据。文件详解力场与拓扑文件...

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Dataset_manuscript_based_细胞色素bc1_Qo位点质子转移路径模拟数据

2026年1月12日 30 46 36

数据集概述本数据集为支持手稿研究而构建，包含细胞色素bc1中Qo位点质子转移路径相关的分子动力学模拟初始构型与拓扑文件，可用于复现该研究的核心模拟过程，探究Qo位点的柔性、水合作用对质子转移多路径的影响机制。文件详解文件名称：structure_and_topology.zip 文件格式：ZIP...

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GROMACS_CHARMM36m_Aβ肽与Cu_II_复合物水_二氯乙烷界面分子动力学模拟数据

2026年1月9日 30 178 103

数据集概述本数据集包含三种系统的分子动力学模拟输入、参数及轨迹文件：Aβ₁₋₁₆在水/二氯乙烷界面（含TB⁻）、Aβ₄₋₁₆在水/二氯乙烷界面（含TB⁻）、Aβ₄₋₁₆–Cu(II)复合物在水/二氯乙烷界面（含TB⁻）。模拟基于GROMACS 2020.6与CHARMM36m力场，含TB⁻、BA+等有机离子参数，pH...

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脂质驱动的HCV_p7二聚体模拟_坐标与拓扑文件

2025年12月18日 30 78 66

数据集概述本数据集包含脂质驱动的HCV p7二聚体模拟相关的坐标与拓扑文件，以压缩包形式存储，为研究HCV p7蛋白结构及脂质环境下的模拟过程提供数据支持。文件详解文件名称: p7_dimer_systems.zip 文件格式: ZIP压缩包 (.zip) 内容说明: 压缩包内包含脂质驱动的HCV...

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约束测试文件数据集

2025年12月9日 30 6 0

数据集概述本数据集包含约束回归测试相关的文件，主要由行业基准系统和T4溶菌酶轨迹两部分组成，为约束测试的验证与分析提供数据支持。文件详解该数据集包含两个压缩文件，具体说明如下： - industry_benchmark_systems.zip:...

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组蛋白脱乙酰酶6抑制剂结合相关蛋白质结构域运动数据集

2025年12月20日 30 136 77

数据集概述该数据集包含组蛋白脱乙酰酶6（HDAC6）作为受体，贝利司他（belinostat）和HPOB作为配体的分子对接研究相关文件，支持DockIT软件的自动化交互对接实验，可复现研究结果。文件详解文件名称: Iakovou_et_al_JCAMD_Data.zip 文件格式: ZIP压缩包包含内容:...

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二价阳离子与磷脂酰肌醇结合诱导双层膜纳米簇起始的离子特异性数据集

2025年12月19日 30 169 8

数据集概述本数据集包含基于全原子分子动力学模拟的研究数据，核心探究二价阳离子（如钙、镁）与磷脂酰肌醇（如PI(4,5)P2、PI(3,5)P2）的相互作用机制，以及其对双层膜纳米簇起始的离子和异构体特异性影响，为膜信号复合物形成的分子机制研究提供数据支持。文件详解该数据集包含16个文件，涵盖模拟输入、结构、输出及说明文档，具体如下： -...

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蛋白质空腔与水动力学识别表征工具教程文件_CICLOPv2

2025年12月19日 30 175 14

数据集概述本数据集是CICLOP v2.0工具的教程文件，该工具用于识别和表征蛋白质空腔及其中的水。数据集包含工具代码、示例文件、环境配置文件和教程文档，为使用该Python工具分析分子动力学轨迹或PDB文件提供支持。文件详解工具代码文件: CICLOPv2.0_waterdynamics.py: Python格式，CICLOP...

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鱼藤酮与呼吸复合体I结合机制分子动力学模拟数据集

2025年12月19日 30 84 74

数据集概述本数据集包含鱼藤酮与呼吸复合体I结合机制研究的分子动力学模拟快照及力场拓扑文件。核心内容为模拟得到的三种结合模式（ROT1、pre-redox、ROT2）的蛋白质-配体结构，以及GROMACS格式的鱼藤酮及其衍生物的力场参数文件，为相关分子机制研究提供数据支持。文件详解分子模拟快照文件（位于configurations/目录下）:...

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轴突膜粗粒化模型数据集

2025年12月15日 30 6 0

数据集概述本数据集提供了轴突膜的粗粒化（CG）模型相关文件，支持分子动力学模拟研究。模型基于MARTINI 2.2力场构建，包含平衡态轴突膜结构、拓扑文件、参数示例及说明文档，为轴突膜力学特性与破裂机制分析提供数据基础。文件详解文件名称及格式： axolemma.gro：GROMACS坐标格式文件，存储平衡态轴突膜的结构数据...

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GMX_lipid17力场的Gromacs移植数据集

2025年12月14日 30 111 51

数据集概述本数据集是Amber LIPID17力场向Gromacs平台的移植版本，包含力场文件、拓扑文件及自定义PI头基团文件，支持用户通过Charmm-GUI构建脂质 bilayer并转换原子名称，保留了原力场的模块化特性以自定义头基团或酰基链。文件详解文件名称: gmx_lipid17.ff.zip 文件格式: ZIP压缩包包含内容:...

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登革病毒NS1_衣壳锚定蛋白及2k肽与人类胰岛淀粉样多肽_Aβ42及α_突触核蛋白肽的计算交叉聚集研究数据集

2025年12月13日 30 116 7

数据集概述该数据集包含与登革病毒NS1、衣壳锚定蛋白及2k肽，与人类胰岛淀粉样多肽、Aβ42及α-突触核蛋白肽的计算交叉聚集研究相关的输入文件、拓扑文件和参数文件，为相关研究提供数据支持。文件详解文件名称: zenodo.zip 文件格式: ZIP (.zip) 文件内容:...

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DPPC双层膜全水合分子动力学模拟轨迹及相关文件

2025年12月13日 30 38 7

数据集概述该数据集包含DPPC脂质双层膜在全水合条件下的分子动力学模拟轨迹及相关文件，基于GROMOS 53A6_L力场和Reaction Field静电计算方法，模拟时长100纳秒，温度323K，含128个DPPC分子与5841个水分子，为膜结构研究提供数据支持。文件详解文件名称: md.tpr，文件格式:...

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基孔肯雅病毒nsP2蛋白酶植物化合物拮抗剂分子建模数据集

2025年12月12日 30 208 153

数据集概述本数据集为基孔肯雅病毒nsP2蛋白酶的植物化合物拮抗剂研究提供分子建模数据支持，包含野生型及两种突变体（C478A、H548A）与芹菜素、异鼠李素的对接、分子动力学模拟文件及配体结构、蛋白质结构等相关数据。文件详解突变体与配体模拟文件：...

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嵌套压缩分子动力学模拟测试数据集

2025年12月11日 30 146 103

数据集概述该数据集为嵌套压缩文件测试数据，包含分子动力学模拟（MD）的轨迹文件（XTC格式）和拓扑文件（TPR格式），用于验证代码对嵌套压缩文件结构的处理能力。文件详解文件名称: outerzip.zip 文件格式: .zip（压缩文件）内部嵌套结构及内容: 轨迹文件:...

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腔肠素吸收光谱建模数据集

2025年12月10日 30 171 61

数据集概述该数据集支持一项关于腔肠素吸收光谱的建模研究，核心围绕内部柔性、态间耦合及显式环境调控的作用展开。包含分子动力学输入文件、优化结构文件、线性振动耦合文件及说明文档，为研究腔肠素光谱特性提供数据支持。文件详解文件名称: Readme.txt 文件格式: TXT (.txt) 内容:...

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聚合物_脂质溶液分子动力学模拟的RNN预测数据集2022

2025年12月8日 30 30 18

数据集概述本数据集包含用于研究聚合物-脂质溶液分子动力学模拟的文件与脚本，涉及GROMACS拓扑结构、初始结构文件，以及用于计算相互作用能、PyTorch模型训练和期望最大化聚类的脚本，还包括势能与相互作用能时间序列数据及相关预印本。文件详解 GROMACS相关文件： DSPE+PEG.top：GROMACS拓扑文件，描述DSPE-...