数据集概述
本数据集包含太平洋胡瓜鱼（Eulachon）种群分化研究的遗传标记数据，涉及阿拉斯加库克湾至哥伦比亚河沿岸12个种群的中性和适应性遗传变异分析。通过RAD测序发现4104个单核苷酸多态性位点（SNPs），其中193个为适应性位点。数据支持种群结构、遗传多样性及有效种群大小的研究，为该物种的保护和管理提供基因组学依据。
文件详解
- 关键信息文件
- 文件名称：Eulachon_Key.txt
- 文件格式：TXT
- 字段映射介绍：包含NCBI_SRA数据库登录号、样本名称、生物样本编号、文库ID、条形码等样本元数据信息。
- 中性遗传标记数据
- 文件名称：Eulachon_NeutralRADs.csv
- 文件格式：CSV
- 字段映射介绍：包含Loci_name（位点名称）、Loci_Sequence（位点序列）、SNP_location（SNP位置）等中性RAD位点信息。
- 适应性遗传标记数据
- 文件名称：Eulachon_AdaptiveRADS.csv
- 文件格式：CSV
- 字段映射介绍：包含Loci_name（位点名称）、Loci_Sequence（位点序列）、SNP_location（SNP位置）等适应性RAD位点信息。
- 基因分型数据文件
- 文件名称：1_EulachonSig.gen、2_EulachonNonSig.gen
- 文件格式：GEN
- 字段映射介绍：分别包含显著性（适应性）和非显著性（中性）位点的基因分型数据。
- 分析脚本文件
- 文件名称：ImputeMissing.R、R script to calculate effective population size with an R2 value.docx、R script to impute missing loci by population.docx
- 文件格式：R、DOCX
- 字段映射介绍：包含缺失数据插补、有效种群大小计算等分析用脚本及说明文档。
- 序列扩展文件
- 文件名称：Paired-end extended sequences for eulachon.out
- 文件格式：OUT
- 字段映射介绍：包含太平洋胡瓜鱼的双端扩展序列数据。
适用场景
- 鱼类种群遗传学研究: 分析太平洋胡瓜鱼种群的中性和适应性遗传变异模式，探究种群分化机制。
- 物种保护与管理: 基于遗传标记数据确定种群边界，评估种群状态，为保护策略制定提供科学依据。
- 有效种群大小估算: 利用中性标记数据监测种群动态，辅助难以直接计数的种群数量评估。
- 渔业资源管理: 通过适应性标记提高个体种群分配准确性，支持渔业资源的可持续管理。
- 分子生态学分析: 研究不同环境压力下鱼类的适应性进化，揭示遗传多样性与环境因子的关联。
