数据集概述
本数据集围绕肺腺癌（LUAD）细胞起源（AT1或AT2细胞）对肿瘤免疫微环境（TIME）、髓系免疫反应状态及转移潜能的影响展开，包含单细胞核RNA测序、空间转录组学数据及配套分析脚本与结果表，为研究肿瘤起源与免疫微环境的关联提供支持。
文件详解
- 单细胞核RNA测序数据文件
- Supplemental File 1: Myeloid_Annotated.RDS（含压缩包）：聚焦AT1、AT2来源LUAD样本髓系细胞的注释后单细胞核RNA测序数据
- 分析脚本文件
- Supplemental File 2: R code for snRNA-seq analyses（R文件及压缩包）：单细胞核RNA测序数据预处理、聚类、差异表达分析的R脚本
- Supplemental File 3: Trajectory analysis（ipynb及压缩包）：细胞分化轨迹与谱系关系推断的Jupyter笔记本
- Supplemental File 6: CCC_analysis via LIANA.Rmd（含压缩包）：基于单细胞核RNA测序数据的细胞间通讯LIANA分析脚本
- Supplemental File 8: TIME Visium Analysis（R文件及压缩包）：Visium空间转录组数据分析（含归一化、空间聚类）的R脚本
- 细胞间通讯分析对象文件
- Supplemental File 4: CCCObj_in_AT1LUAD.RDS（含压缩包）：AT1来源LUAD的细胞间通讯分析对象
- Supplemental File 5: CCCObj_in_AT2LUAD.RDS（含压缩包）：AT2来源LUAD的细胞间通讯分析对象
- 空间转录组学数据文件
- Supplemental File 7: STSeq_LUAD_xzcompressed.Rds：LUAD样本的空间转录组数据，含空间维度基因表达信息
- 补充表格文件
- Supplemental Table 1: Overall Cell Composition（PDF、XLSX）：LUAD样本整体细胞群体定量组成
- Supplemental Table 2: Myeloid Cell Composition（PDF、XLSX）：髓系细胞群体的详细类型组成
- Supplemental Table 3: Myeloid Cell Composition per Mouse ID（PDF、XLSX）：按小鼠ID分层的髓系细胞计数
- Supplemental Table 4: FDR-Corrected MP DEGs_AT1 vs. AT2（PDF）：AT1与AT2来源LUAD的FDR校正差异表达基因
- Supplemental Table 5: PANTHER Pathways for MP DEGs_AT1 vs. AT2（PDF、XLSX）：差异表达基因的PANTHER通路富集分析结果
适用场景
- 肿瘤免疫学研究：分析不同起源LUAD的肿瘤免疫微环境差异及髓系细胞免疫反应特征
- 单细胞组学分析：验证单细胞核RNA测序数据预处理、聚类及差异表达分析的方法
- 空间转录组学研究：探究LUAD样本基因表达的空间分布规律
- 细胞间通讯机制研究：解析AT1、AT2来源LUAD中细胞间通讯的分子调控网络
- 肿瘤转化医学研究：为肺腺癌免疫治疗靶点筛选及疗效预测提供数据支撑
