数据集概述
本数据集围绕北美萤火虫视蛋白基因变异与信号生态学的关联展开，包含基因组、转录组测序及目标基因测序结果，涉及10种萤火虫的视蛋白基因序列、系统发育树及转录组组装文件，用于分析视蛋白基因进化与信号模式、光环境的关系，共8个文件。
文件详解
- 转录组组装相关文件
- 文件名称：Transcriptome_assemblies.zip
- 文件格式：ZIP
- 字段映射介绍：包含5个萤火虫物种（Photinus australis、Photinus carolinus等）的头部组织转录组组装fasta文件，标注标本编号、性别及组织类型
- 文件名称：README_for_Transcriptome_assemblies.txt
- 文件格式：TXT
- 字段映射介绍：说明转录组组装文件的标本信息、物种及组织来源
- 视蛋白基因序列文件
- 文件名称：UV_38aa_formatted.fasta、UV_38_formatted.fasta、LW_38_aa_formatted.fasta、LW_38tax_formatted.fasta
- 文件格式：FASTA
- 字段映射介绍：包含紫外线及长波长视蛋白的氨基酸序列，涉及38个分类单元的序列数据
- 系统发育树文件
- 文件名称：BEAST_SL2015_plus14tax.tre、BEAST_SL2015_plus32tax.tre
- 文件格式：TRE
- 字段映射介绍：基于视蛋白基因序列构建的系统发育树，分别包含14个和32个分类单元的进化关系
数据来源
论文“Variation in opsin genes correlates with signaling ecology in North American fireflies”
适用场景
- 昆虫视觉进化研究：分析萤火虫视蛋白基因序列变异与光环境适应的关联
- 信号生态学分析：探究视蛋白基因进化与萤火虫生物发光信号模式（如信号颜色、活动时间）的关系
- 分子进化分析：通过系统发育树研究视蛋白基因的正选择位点及进化速率变化
- 转录组数据分析：利用萤火虫头部转录组组装数据研究视觉相关基因表达特征
