数据集概述
本数据集包含HIV感染者COVID-19 FIV模型的动物组基线特征数据，以及通过viral_variant_caller和SNPGenie流程生成的病毒变异分析结果，涉及基因差异、群体多样性等关键指标，为相关医学研究提供结构化数据支持。
文件详解
- 数据文件
- 文件名称：variant_summary_20230605.xlsx
- 文件格式：XLSX
- 字段映射介绍：病毒变异总结数据，具体字段未提供预览
- 文件名称：snpgenie_gene_product_cleaned.csv
- 文件格式：CSV
- 字段映射介绍：包含dataset_ID、file、product、N_diffs、S_diffs、N_diffs_vs_ref、S_diffs_vs_ref、N_sites、S_sites、piN、piS、mean_dN_vs_ref、mean_dS_vs_ref、mean_gdiv_polymorphic、mean_N_gdiv、mean_S_gdiv、replicate、ID_rep等字段，记录基因产物层面的变异与多样性数据
- 文件名称：variant_summary_001_cutoff_20230607.xlsx
- 文件格式：XLSX
- 字段映射介绍：带筛选阈值的病毒变异总结数据，具体字段未提供预览
- 文件名称：snpgenie_population_summary_cleaned.csv
- 文件格式：CSV
- 字段映射介绍：包含dataset_ID、sites、sites_coding、sites_noncoding、pi、pi_coding、pi_noncoding、N_sites、S_sites、piN、piS、mean_dN_vs_ref、mean_dS_vs_ref、mean_gdiv_polymorphic、mean_N_gdiv、mean_S_gdiv、mean_gdiv、sites_polymorphic等字段，记录群体层面的基因多样性数据
- 文件名称：Supplement-FIV Study.xlsx
- 文件格式：XLSX
- 字段映射介绍：FIV研究补充数据，具体字段未提供预览
- 文档文件
- 文件名称：microorganisms-3007012-supplementary.docx
- 文件格式：DOCX
- 字段映射介绍：研究补充文档，具体内容未提供预览
数据来源
viral_variant_caller（https://github.com/stenglein-lab/viral_variant_caller）、SNPGenie（https://github.com/chasewnelson/SNPGenie）、NCBI SRA（Bioproject PRJNA1129543）
适用场景
- 病毒变异分析: 利用variant_summary文件研究COVID-19病毒在FIV模型中的变异特征
- 基因多样性研究: 通过snpgenie相关文件分析病毒基因产物及群体层面的基因差异与多样性
- 医学模型验证: 基于动物基线特征数据验证HIV感染者COVID-19 FIV模型的有效性
- 病毒研究数据支持: 为HIV感染者合并COVID-19感染的相关医学研究提供基础数据
