数据集概述
本数据集围绕加拉帕戈斯蛇类辐射演化研究展开,包含系统发育分析相关的序列比对、字符集定义及时间校准树文件,支持揭示该类群的起源与隐藏多样性,涉及Pseudalsophis属等物种的分类与演化研究,共7个文件。
文件详解
- 系统发育分析文件
- 序列比对文件:RAxML_alignment_for_Figure-1.phy、RAxML_alignment_for_Figure-2.phy,格式为.phy,用于构建系统发育树的DNA序列比对数据
- 字符集定义文件:RAxML_charset_for_Figure-1.txt,格式为.txt,包含DNA子集的位置划分信息,如Subset1、Subset2、Subset3对应的碱基区间
- 系统发育树文件:RAxML_tree_for_Figure-1.tre、RAxML_tree_for_Figure-2.tre、BEAST_tree_for_Figure-3.tre,格式为.tre,分别为基于RAxML和BEAST方法构建的系统发育树结果
- BEAST输入文件:BEAST_input_file_for_Figure-3.xml,格式为.xml,用于BEAST分析的参数设置与输入配置文件
数据来源
论文“Origin and hidden diversity within the poorly known Galápagos snake radiation (Serpentes: Dipsadidae)”
适用场景
- 蛇类系统发育研究:利用序列比对与系统发育树文件,分析加拉帕戈斯蛇类的演化关系与分类地位
- 生物多样性分析:基于演化数据揭示加拉帕戈斯蛇类的隐藏物种多样性
- 物种起源与扩散研究:通过时间校准树探究Pseudalsophis属蛇类的殖民事件与演化时间线
- 分子生态学研究:借助DNA字符集与序列数据,开展蛇类分子标记与遗传多样性分析
- 系统发育方法验证:对比RAxML与BEAST两种方法构建的树结构,评估不同算法的适用性