数据集概述
该数据集为DirectContacts2研究论文的补充文件，包含基于高通量质谱实验预测的蛋白质直接相互作用的AlphaFold结构模型及交联数据，覆盖特定蛋白质二聚体、高阶复合物结构及关键相互作用位点信息。
文件详解
- 结构模型压缩包（.zip/.gz格式）：
- OFD1_FOPNL_KIAA0753_alphafold_output.zip：OFD1-FOPNL和FOPNL-KIAA0753的AlphaFold结构模型
- NEFM_VIM_dimer_20240522.zip：NEFM-VIM二聚体的AlphaFold结构模型
- AF3_fold_nefm_vim_tails12_heads_2024_05_23_13_21.zip：NEFM（85-176、181-349、350-498片段）与VIM（85-175、176-338、363-466片段）尾部区域的二聚体界面AlphaFold模型
- NEFL_NEFM_dimer_20240522.zip：NEFL-NEFM二聚体的AlphaFold结构模型
- dc2_af3_cifs_zenodo.tar.gz：两千五百七十三个DirectContact2高置信预测对的AlphaFold3结构模型
- 高阶结构模型文件：
- NEFM_VIM_higherorder_20240529.cif：NEFM-VIM的二聚体高阶复合物结构模型（.cif格式）
- 交联数据文件（.txt格式）：
- 包含NEFM_VIM_wheat_xlinks_pyxlink.txt等文件，记录蛋白质相互作用的交联位点信息，字段示例：蛋白质链标识、氨基酸位置（如139|A|139|B）
适用场景
- 蛋白质组学研究：分析直接物理蛋白质相互作用网络的结构特征
- 结构生物学研究：验证AlphaFold预测的蛋白质复合物结构准确性
- 分子机制探索：解析特定蛋白质（如NEFM、VIM）的二聚体/高阶复合物形成机制
- 质谱数据辅助分析：结合交联数据优化蛋白质相互作用预测模型
