数据集概述
本数据集基于根瘤菌-苜蓿共生系统的全基因组关联研究（GWAS），探索共生扩展表型的遗传结构。通过191株根瘤菌与两种苜蓿基因型在不同环境下的配对实验，识别出环境依赖型、宿主依赖型及通用型三类调控宿主适合度的根瘤菌基因座，为构建可靠的基因型-表型（G→P）图谱提供数据支持。
文件详解
- 关联分析结果文件（Excel格式）
- 文件名称：plast_overlap_shoot.wREADME.xlsx、SNPs_ann_ps_shoot.wREADME.xlsx、SNPs_ann_ps_all.wREADME.xlsx、SNPs_ann_gene_all.wREADME.xlsx、genes_shoot_uniprot.wREADME.xlsx、DAVID_outputs_combined.wREADME.xlsx、genes_shoot.plast.wREADME.xlsx
- 文件格式：XLSX
- 字段映射介绍：包含单核苷酸多态性（SNPs）注释、基因功能注释、宿主表型关联分析结果、基因本体（GO）富集分析等内容，具体字段需参考各文件内的README说明
数据来源
论文“Genome-wide association studies across environmental and genetic contexts reveal complex genetic architecture of symbiotic extended phenotypes”
适用场景
- 共生遗传学研究: 分析根瘤菌基因变异对宿主表型的调控机制，识别环境/宿主依赖型及通用型基因座
- 微生物组功能预测: 基于根瘤菌基因组数据预测共生扩展表型对宿主健康的影响
- 合成生物学应用: 筛选可用于基因工程改造的通用型共生基因靶点
- 进化生物学研究: 探索共生系统中基因座的环境适应性进化模式
- 农业微生物应用: 为根瘤菌-豆科植物共生系统的定向选育提供遗传标记
