数据集概述
本数据集围绕彩虹镖鲈(Etheostoma caeruleum)的基因组多样性与栖息地适应性展开,包含8个采样点(含独特湖泊栖息地)的形态特征、热耐受性及基因组数据,用于分析种群结构、遗传多样性与环境胁迫响应的关系,共9个文件。
文件详解
- 基因组与种群结构相关文件
- 文件名称:VCF_RDarters.vcf
- 文件格式:VCF
- 字段映射介绍:彩虹镖鲈基因组变异数据,包含单核苷酸多态性(SNP)位点信息及样本基因型数据
- 形态学与热耐受性分析文件
- 文件名称:MorphoJ_RDarters.morphoj
- 文件格式:.morphoj
- 字段映射介绍:形态学分析数据,用于彩虹镖鲈形态特征的定量比较与分化研究
- 统计模型与数据分析结果文件
- 文件名称:CTM_RDarters.xlsx、CTM_Model_RDarters.xlsx、IBD_RDarters.xlsx、Relatedness_RDarters.xlsx
- 文件格式:XLSX
- 字段映射介绍:包含热耐受性模型(CTM)、隔离-by-distance(IBD)分析、亲缘关系分析等统计模型数据及结果
- 文本格式结果文件
- 文件名称:StreamTree_RDarters.txt、DF_Scores_RDarters.txt、CVA_Scores_RDarters.txt
- 文件格式:TXT
- 字段映射介绍:种群系统发育树(StreamTree)、判别函数分析(DF)得分、典型变量分析(CVA)得分等分析结果数据
数据来源
论文“Genome-wide diversity and habitat underlie fine-scale phenotypic differentiation in the rainbow darter (Etheostoma caeruleum)”
适用场景
- 淡水鱼类适应性进化研究: 分析彩虹镖鲈基因组多样性与热应激耐受性的关联,探究环境适应的遗传基础
- 种群遗传学研究: 利用VCF数据解析彩虹镖鲈的种群结构、基因流及亲缘关系模式
- 生态形态学分析: 通过形态学数据研究湖泊-溪流栖息地分化对彩虹镖鲈表型特征的影响
- 环境胁迫响应评估: 结合热耐受性模型与遗传多样性数据,预测种群对气候变化(如水温升高)的响应能力
- 保护生物学应用: 为分散种群的遗传多样性保护及濒危风险评估提供数据支持