数据集概述
本数据集包含果蝇黑腹果蝇萨塞克斯LHM样本种群遗传学研究的输入数据、代码、输出数据、汇总图表及运行日志，覆盖等位基因频率分布、连锁不平衡、遗传分组等核心分析结果，为种群遗传结构研究提供支持。
文件详解
- 输入数据文件（PLINK二进制格式）：
- lhm_hc_2017.bed、lhm_hc_2017.bim、lhm_hc_2017.fam：PLINK二进制数据集文件，包含基因型数据及样本信息
- 代码文件：
- drive_popgen.sh：Unix/Linux Shell脚本，包含PLINK种群遗传分析命令，调用R脚本执行子种群文件生成和绘图
- plot_popgen.R：R脚本，用于输出数据绘图
- make_lhm_subgroups.R：R脚本，用于生成子种群文件
- install_packages_plot_popgen.R：R脚本，用于安装绘图所需R包
- 输出数据文件：
- lhm_hc_2017.frq：等位基因频率数据文件
- lhm_hc_2017.ld：连锁不平衡分析结果文件
- lhm_hc_2017.fst：遗传分化Fst分析结果文件
- lhm_hc_2017.mds：多维尺度分析结果文件
- lhm_hc_2017.genome：IBD（身份-by- descent）分析结果文件
- lhm_hc_2017.cluster1/cluster2/cluster3：遗传分组聚类结果文件
- lhm_hc_2017.prune.in/prune.out：位点筛选结果文件（保留/排除位点列表）
- lhm_subpops_plink.txt：子种群划分文件
- 图表文件：
- popgen_plots.png：种群遗传分析汇总图表
- 日志文件：
- log_sh_plot_popgen.txt、log_plot_ibd_R.txt、log_sh_make_lhm_subgroups.txt：分析过程运行日志
- 说明文件：
- READ_ME_popgen.txt：数据集说明文档，介绍分析流程及脚本用途
适用场景
- 种群遗传学研究：分析果蝇黑腹果蝇萨塞克斯LHM种群的遗传结构与分化
- 基因组学分析：探究等位基因频率分布、连锁不平衡模式及IBD遗传关系
- 生物信息学方法验证：验证PLINK与R语言在种群遗传数据分析中的应用流程
- 进化生物学研究：探讨种群遗传分组的形成机制（如历史混合事件、着丝粒区域低重组率的影响）
