数据集概述
本数据集聚焦美国密歇根州和华盛顿州的入侵物种满天星（Gypsophila paniculata）种群，通过RNA-seq技术分析其分子过程对不同环境的响应机制。内容涵盖转录组表达谱、SNP变异、表型数据（如萌发率）及相关分析脚本，旨在揭示该物种入侵成功的分子可塑性与遗传分化因素，共包含11个文件。
文件详解
- 数据文件
Above_Below_RawData_Formatted.xlsx：XLSX格式，包含地上/地下组织分配的原始数据Germination_Obs_Table.csv：CSV格式，记录满天星种群的萌发观察数据，含日期、时间及萌发率相关字段RSEM.isoform.counts.matrix.wAnnot：wAnnot格式，带注释的转录本表达计数矩阵intersects.00_09.vcf.gz：VCF.gz格式，种群SNP变异数据压缩文件metadata-6992228-processed-ok-2.tsv：TSV格式，处理后的元数据，含 accession、生物项目编号等字段MetaData.txt：TXT格式，样本元数据，记录id、种群（密歇根/华盛顿）、个体编号及组织类型（根/茎/叶）- 分析脚本
Get_SNP_INDEL_Effect.pl：PL格式，获取SNP和INDEL效应的脚本GetPositionMap.pl：PL格式，获取基因位置映射的脚本import_VCF_and_get_allele_frequencies_by_population_0.5_cpedit_5-17-19.R：R格式，导入VCF并计算种群等位基因频率的脚本PARC_20180710_RNA_Normalization_DEanalysis.Rmd：Rmd格式，RNA数据标准化与差异表达分析的R markdown文档run_getSNPEffect.sh：SH格式，运行SNP效应分析脚本的shell脚本
数据来源
标题为“Transcriptome analysis of invasive Gypsophila paniculata (baby's breath) populations from Michigan and Washington, USA”的研究
适用场景
- 入侵物种分子机制研究：分析满天星对不同环境的转录组可塑性及遗传分化
- 植物适应性进化分析：探究转录组差异表达与环境胁迫（营养缺乏、非生物胁迫）的关联
- 种群遗传学研究：利用SNP数据解析入侵种群的等位基因频率变化
- 表型与基因型关联分析：结合萌发率等表型数据与转录组/SNP数据，揭示表型差异的分子基础
- 生物入侵防控策略制定：为满天星入侵机制研究提供数据支撑，助力针对性防控措施开发
