数据集概述
本数据集基于15个面包小麦品种的基因组组装，通过单倍型分析方法挖掘小麦遗传多样性，包含单倍型块、遗传标记、品种间序列同一性、QTL信息等数据，为小麦育种提供精准的遗传资源利用框架。数据集共25个文件，覆盖文本、表格、压缩文件等多种格式。
文件详解
- 说明文档类
- 文件名称：README_A-haplotype-led-approach-to-increase-the-precision-of-wheat-breeding_v2.txt
- 文件格式：TXT
- 字段映射介绍：包含数据集标题、通讯作者信息、发布日期、DOI等元数据
- 参考序列索引类
- 文件名称：161010_Chinese_Spring_v1.0_pseudomolecules.fai、combined_fai.txt
- 文件格式：FAI、TXT
- 字段映射介绍：记录小麦参考基因组（如中国春）染色体的长度、位置等索引信息
- 单倍型分析结果类
- 文件名称：varieties_6A_identites_0bp.tab.gz、varieties_6A_identites_1000bp.tab.gz、varieties_6A_identites_2000bp.tab.gz、chr6A_haplotype_blocks_aln_25_gene_window_drop3.tsv、blocks_coverage_5000kbp.csv等
- 文件格式：TAB.GZ、TSV、CSV
- 字段映射介绍：包含不同品种间染色体6A区域的序列同一性数据、单倍型块的基因窗口分析结果、单倍型块覆盖度统计等
- 基因型与标记数据类
- 文件名称：35K_cerealsdb_hap_examples.csv、akhunov_hap_examples.csv、haplotype_specific_markers_pangenome.csv等
- 文件格式：CSV
- 字段映射介绍：记录单倍型特异性标记的位置、不同品种的基因型信息等
- 变异数据类
- 文件名称：all.GP08_mm75_het3_publication01142019.vcf.gz_all6A_HCLC_GT_only.GT.FORMAT_position_only.tsv
- 文件格式：TSV
- 字段映射介绍：包含染色体6A区域的基因型数据，记录染色体、位置等信息
- 补充表格类
- 文件名称：Supplementary_Table_2_Sheet1_6A_only.xlsx、Brinton_et_al_Supplementary_Table_4_Previously_identified_QTL_on_chromosome_6A.xlsx
- 文件格式：XLSX
- 字段映射介绍：包含6A染色体的补充数据、已鉴定的QTL信息等
- 基因组比对结果类
- 文件名称：mace_v_stanley.all_6A_filtered_L20Kb_rq.delta
- 文件格式：DELTA
- 字段映射介绍：记录Mace与Stanley品种间6A染色体的基因组比对结果
- 统计分析类
- 文件名称：Block_slice500k_stats_Tae_5000kbp.tsv.gz、pangenome_snp_dist_6A_CS_ref.tsv
- 文件格式：TSV.GZ、TSV
- 字段映射介绍：包含单倍型块的统计信息、泛基因组SNP分布数据等
数据来源
John Innes Centre、Royal Botanic Gardens, Kew
适用场景
- 小麦遗传多样性研究: 分析不同小麦品种间的单倍型共享模式与基因组差异
- 作物育种应用: 利用单倍型特异性标记开发精准育种工具，挖掘地方品种的优良性状潜力
- 单倍型块功能分析: 研究染色体上延伸单倍型块的基因组成与性状关联
- 分子标记开发: 基于单倍型数据设计高效的基因型鉴定芯片或标记组合
- 数量性状位点（QTL）关联分析: 结合已鉴定的QTL信息，解析单倍型与农艺性状的关系
