数据集概述
本数据集包含论文《Estimating contemporary effective population size in non-model species using linkage disequilibrium across thousands of loci》的模拟分析脚本,用于研究非模式物种中基于连锁不平衡的当代有效种群大小(Ne)估计方法,涉及模拟染色体生成、遗传多样性模拟及种群繁殖模拟等环节。
文件详解
- README_for_simulation.txt
- 文件格式:TXT
- 内容介绍:说明simulation.zip中脚本的用途,包括生成模拟染色体、使用SIMCOAL2生成遗传多样性、使用simuPOP进行10代繁殖模拟等,脚本用于整合论文中描述的模拟分析各环节
- simulation.zip
- 文件格式:ZIP
- 内容介绍:包含论文分析中使用的所有模拟脚本,用于实现非模式物种Ne估计的连锁不平衡模拟流程
数据来源
论文“Estimating contemporary effective population size in non-model species using linkage disequilibrium across thousands of loci”(Heredity,2016年6月接收)
适用场景
- 非模式物种Ne估计方法验证: 用于测试基于连锁不平衡的Ne估计在多基因座下的偏差及校正效果
- 连锁不平衡模拟研究: 分析物理连锁基因座对Ne估计结果的影响机制
- 种群遗传学模拟工具开发: 参考脚本实现流程,构建非模式物种遗传多样性模拟系统
- 保护遗传学数据分析: 为非模式物种的保护策略制定提供Ne估计方法的技术支持