数据集概述
本数据集来自Heuchera属（虎耳草科）系统发育研究，包含针对近期辐射类群设计的内含子序列标记富集方法相关数据，涉及核基因、叶绿体、线粒体基因组的序列矩阵与系统发育树，支持植物系统发育关系分析与标记方法验证。
文件详解
- 系统发育树文件（.tre格式，共5个）
- 文件名称：MP_EST.tre、Genetrees.tre、RAxMLmitochondrialtree.tre、RAxMLchloroplasttree.tre、RAxMLnucleartree.tre
- 内容说明：分别为最大简约法推断树、基因树、线粒体/叶绿体/核基因的RAxML构建树，记录不同基因组的系统发育关系
- 序列矩阵文件（.phy/.txt格式，共5个）
- 文件名称：intrononlyreducedmatrix.phy.txt、nuclearmatrix.phy、chloroplastmatrix.phy、mitochondrialmatrix.phy、exononlymatrix.phy.txt
- 内容说明：包含仅内含子、核基因、叶绿体、线粒体、仅外显子的序列矩阵，记录15个Heuchera样本的核苷酸序列数据（如exononlymatrix.phy.txt含15个样本129269位点的序列）
- 目标位点注释文件（.gb格式，1个）
- 文件名称：AnnotatedTargetLoci.gb
- 内容说明：注释的目标位点文件，记录设计的278个内含子-外显子边界位点信息
- 比对文件压缩包（.zip格式，1个）
- 文件名称：Alignments.zip
- 内容说明：包含序列比对结果的压缩文件
数据来源
论文“A protocol for targeted enrichment of intron-containing sequence markers for recent radiations: a phylogenomic example from Heuchera (Saxifragaceae)”
适用场景
- 植物系统发育关系研究: 利用核/叶绿体/线粒体系统发育树，分析Heuchera属内物种的进化关系与近期辐射事件
- 内含子标记方法验证: 评估内含子序列标记在低分类水平系统发育分析中的有效性与分辨率
- 基因组进化分析: 对比外显子与内含子序列的分歧度差异，研究Heuchera属基因组进化模式
- 分子标记设计参考: 基于AnnotatedTargetLoci.gb的注释信息，为其他植物类群的内含子标记设计提供方法借鉴
