数据集概述
该数据集包含霍乱弧菌（Vibrio cholerae）的密码子偏好基因相关数据，涵盖不同类型的密码子偏好基因列表、小提琴图可视化文件及标准化密码子使用偏好数据，为研究霍乱弧菌基因的密码子使用特征提供支持。
文件详解
该数据集包含三类文件，具体说明如下：
- 密码子偏好基因列表文件（.txt格式，共115个）
- 命名示例：E_GAA_top25.txt、C_TGC_top.txt、G_GGG_top25.txt
- 内容分类：
- 含"top25"的文件：列出每个密码子对应差异密码子使用频率最高的25%基因
- 含"top"的文件：列出每个密码子对应差异密码子使用频率最高的基因（依据PDF中的小提琴图结果）
- 小提琴图可视化文件（.pdf格式，共62个）
- 命名示例：usage_biases_violin_plot_S_TCT.pdf、usage_biases_violin_plot_L_CTT.pdf
- 内容：展示不同密码子使用偏好分布的小提琴图
- 标准化密码子使用偏好数据文件（.xlsx格式，共1个）
- 文件名称：standardized_codon_usage_biases_by_aa_with_aa_based_clusterings.xls.xlsx
- 内容：包含每个基因的密码子使用偏好数据及基于氨基酸的聚类分析结果
适用场景
- 分子生物学研究：分析霍乱弧菌基因的密码子使用偏好特征
- 生物信息学分析：探究密码子使用偏好在基因表达调控中的作用
- 基因组学研究：辅助霍乱弧菌基因功能注释及进化分析
- 微生物学研究：为霍乱弧菌相关疾病机制研究提供密码子使用层面的数据支持
