数据集概述
本数据集围绕流感A病毒（IAVs）H1N1和H3N2亚型的宿主适应性展开，通过计算规则模型识别12种病毒蛋白中与宿主（禽或人）适应相关的组合氨基酸残基特征，包含68组H1N1亚型和24组H3N2亚型的宿主特异性组合特征，以及132个新型单一氨基酸特征，为理解病毒跨物种适应机制提供数据支持。
文件详解
- 亚型宿主分离比对文件：
- 文件名称：separate_subtypes_separate_hosts_alignments_zeeshan_bmcgenomics.zip
- 文件格式：ZIP
- 内容说明：包含H1N1和H3N2亚型分别对应禽、人宿主的病毒氨基酸序列比对数据
- 亚型宿主合并文件：
- 文件名称：combined_subtypes_and_hosts.zip
- 文件格式：ZIP
- 内容说明：整合H1N1、H3N2亚型及禽、人宿主的病毒序列相关数据
- 宿主亚型分离树文件：
- 文件名称：seperate_trees_for_hosts_and_subtypes_marked_with_top_5_rules.zip
- 文件格式：ZIP
- 内容说明：按宿主和亚型分离构建的病毒进化树，标记了前5条关键识别规则
- 蛋白合并树文件：
- 文件名称：combined_trees_for_each_protein.zip
- 文件格式：ZIP
- 内容说明：针对每种病毒蛋白构建的合并进化树数据
数据来源
论文“Identification of combinatorial host-specific signatures with a potential to affect host adaptation in influenza A H1N1 and H3N2 subtypes”
适用场景
- 流感病毒宿主适应性机制研究：分析组合氨基酸特征与病毒跨物种适应的关联
- 病毒蛋白功能分析：探究HA、M1、NP等12种病毒蛋白中宿主特异性残基的功能作用
- 病毒进化分析：基于进化树数据研究H1N1、H3N2亚型在不同宿主中的进化规律
- 抗病毒策略开发：为针对宿主适应性特征的疫苗或药物靶点研发提供数据支撑
