数据集概述
本数据集记录基于RNA探针的哺乳动物线粒体基因组溶液内富集实验结果，包含7个目哺乳动物探针集的设计与测试数据，涉及5个目22属共63个线粒体基因组的覆盖度、回收率等关键指标，以及探针捕获能力的聚类分析结果，为退化DNA的线粒体基因组富集研究提供支撑。
文件详解
- 序列文件
- 文件名称：pero_in.454.fasta.qual、AllProbes_good.fasta
- 文件格式：FASTA.QUAL、FASTA
- 字段映射介绍：包含探针序列及相关质量信息，其中AllProbes_good.fasta为设计的哺乳动物线粒体富集探针序列集
- 测序数据文件
- 文件名称：H3HWW5Q01.sff、H3FTPWM01.sff
- 文件格式：SFF
- 字段映射介绍：高通量测序原始数据文件，记录测序 reads 的序列、质量值等信息
- 代码文件
- 文件名称：combiner-2.0.py、sequenceGetter-4.0.py、chimera_ID.py
- 文件格式：PY
- 字段映射介绍：实验分析所用的脚本文件，分别用于数据合并、序列提取及嵌合分子识别
- 文本数据文件
- 文件名称：Dryad_ModernSquirrelDemux.txt、WMG_Alignment26Ind_FINAL01.09.14.txt
- 文件格式：TXT
- 字段映射介绍：Dryad_ModernSquirrelDemux.txt记录454测序数据的分样信息（含Run ID、物种、样本编号、 barcode 序列等）；WMG_Alignment26Ind_FINAL01.09.14.txt为26个个体线粒体基因组比对结果数据
- 压缩文件
- 文件名称：Enrichment Assemblies.zip
- 文件格式：ZIP
- 字段映射介绍：线粒体基因组富集组装结果的压缩包，包含富集后的序列组装数据
数据来源
论文“In-solution hybridization for mammalian mitogenome enrichment: pros, cons and challenges associated with multiplexing degraded DNA”
适用场景
- 分子生物学探针设计研究：分析不同哺乳动物目探针的设计策略及有效性，优化线粒体基因组富集探针集
- 退化DNA线粒体基因组富集分析：评估探针在退化DNA样本中的线粒体基因组覆盖度、回收率等指标，探索退化样本的线粒体基因组获取方法
- 高通量测序数据处理：利用代码文件学习测序数据的合并、序列提取及嵌合分子识别等生物信息学分析流程
- 哺乳动物线粒体基因组进化研究：基于线粒体基因组覆盖度、序列分歧度等数据，分析哺乳动物线粒体基因组的进化特征
- 古DNA研究支撑：为古生物或考古样本中退化DNA的线粒体基因组富集提供技术参考与数据支撑
