数据集概述
本数据集围绕基因组学时代个体近交系数测量展开,通过计算机模拟比较系谱近交系数(FP)与基因组标记法(FH、FROH、FE)对实际基因组同源性(IBDG)的预测效果,验证了基因组标记法在大样本SNP下的优越性,为生态学、进化和保护生物学领域提供方法参考。
文件详解
- 文档文件
- 文件名称:README_for_individualBasedSimModel_HeredityInbreeding_13Feb2015.r.docx
- 文件格式:DOCX
- 字段映射介绍:包含个体近交模拟模型的说明文档,提供研究背景、模拟方法、结果解释等关键信息
- 代码文件
- 文件名称:individualBasedSimModel_HeredityInbreeding_13Feb2015.r.R
- 文件格式:R
- 字段映射介绍:实现个体近交计算机模拟的R代码,用于生成不同场景下的系谱与基因组近交系数数据
- 代码文件
- 文件名称:concatenateIBDTracts_13Feb2015.r.R
- 文件格式:R
- 字段映射介绍:用于处理同源染色体片段(IBD)数据的R代码,支持模拟结果中IBDG相关数据的整合与计算
数据来源
论文“Measuring individual inbreeding in the age of genomics: marker-based measures are better than pedigrees”
适用场景
- 生态学研究:评估个体近交对后代适合度的影响,为种群动态分析提供数据支持
- 进化生物学研究:分析近交系数与基因组同源性的关系,探究物种进化过程中的遗传多样性变化
- 保护生物学应用:通过基因组标记法精准测量濒危物种个体近交水平,优化保护策略
- 基因组学方法验证:对比系谱法与基因组标记法的近交系数预测效果,推动相关测量技术的标准化