数据集概述
本数据集聚焦扩张物种Ischnura elegans的本地适应分子特征，通过景观基因组学方法结合广义 dissimilarity 模型（GDM），分析13,612个SNP位点在瑞典25个采样点426个个体中的选择信号，识别与夏季最高温、年降水量、风速等环境因子相关的适应性基因，为气候变化下物种快速进化研究提供数据支持。
文件详解
- 基因组数据文件
- 文件名称：Ischnura_elegans_draftgenome_assemblyDec2015.fasta
- 文件格式：FASTA
- 字段映射介绍：包含Ischnura elegans的基因组组装序列，用于SNP位点的参考基因组比对
- 基因组评估报告
- 文件名称：Ischnura_elegans_draftgenomeDec2015.report、Ischnura_elegans_draftgenomeDec2015.output.completeness_report
- 文件格式：TXT
- 字段映射介绍：记录基因组组装的完整性评估指标，包括基因完整性、组装连续性等关键参数
- GDM模型输出文件
- 文件名称：GDM_TotalmodelOutput_1758snps.txt
- 文件格式：TXT
- 字段映射介绍：包含SNP_ID、SNP_name、GDM解释度、地理因子、BIO5（最高温）、BIO12（年降水量）、TreeCover（植被覆盖）、WindSpeed（风速）等环境因子的关联度数据，以及scaffold_ID、位置信息
- 群体映射文件
- 文件名称：popmap.csv
- 文件格式：CSV
- 字段映射介绍：包含Genetic_ID（个体遗传编号）和POPL_ID（群体编号）的对应关系，用于群体遗传分析
- 环境数据文件
- 文件名称：Upload1_EnvData.csv
- 文件格式：CSV
- 字段映射介绍：包含POP（群体编号）、X/Y（地理坐标）、BIO5（最高温）、BIO12（年降水量）、TreeCover（植被覆盖）、WindSpeed（风速）等环境变量数据
- SNP注释文件
- 文件名称：SNPannotations.xlsx
- 文件格式：XLSX
- 字段映射介绍：记录具有选择信号的SNP位点注释信息，包括基因功能（热休克蛋白、离子转运、视觉相关等）
- 基因型数据文件
- 文件名称：PlinkMap_datafile.map、SNP_datafile.gen
- 文件格式：MAP、GEN
- 字段映射介绍：包含SNP位点的物理位置（MAP）和个体基因型数据（GEN），用于群体遗传分析
- 分析代码文件
- 文件名称：GDM Upload 20180412.R
- 文件格式：R
- 字段映射介绍：用于GDM模型分析的R代码脚本，包含环境因子与遗传分化的关联分析流程
数据来源
论文“Signatures of local adaptation along environmental gradients in a range-expanding damselfly (Ischnura elegans)”
适用场景
- 分子生态学研究：分析物种扩张过程中的本地适应分子机制
- 气候变化适应性研究：探究环境因子对物种遗传分化的选择作用
- 基因组选择信号检测：识别与热应激、渗透压调节、视觉相关的适应性基因
- 景观基因组学分析：利用GDM模型解析环境梯度与遗传变异的关联
- 群体遗传学研究：基于SNP数据开展群体结构、基因流等分析
