数据集概述
本数据集为蕨类植物金毛蕨（Phlebodium aureum）'Mandaianum'品种的转录组测序数据。通过对蕨类叶片进行总RNA提取，使用Illumina HiSeq 2500平台进行双端测序。数据经过质量检查、修剪和从头组装，并通过BUSCO评估转录组完整性。数据集包含组装的转录本、预测的蛋白质序列及功能注释文件，是该物种的首个转录组资源。
文件详解
- 功能注释文件
- 文件名称：eggNOG mapper annotation file_Phlebodium aureum.xlsx
- 文件格式：XLSX
- 字段映射介绍：包含eggNOG Mapper工具生成的功能注释信息，涵盖COG、GO、EC、KEGG和Pfam分类
- 蛋白质序列文件
- 文件名称：Transdecoder fasta_Phlebodium aureum.pep
- 文件格式：PEP
- 字段映射介绍：通过TransDecoder预测的编码序列对应的蛋白质氨基酸序列
- 转录本组装文件
- 文件名称：Assembled transcripts fasta_Phlebodium aureum.fasta
- 文件格式：FASTA
- 字段映射介绍：使用Trinity软件从头组装的转录本序列
适用场景
- 蕨类植物比较基因组学研究: 用于分析金毛蕨与其他植物的基因家族进化、基因复制事件和系统发育关系
- 功能基因挖掘与注释: 基于COG、GO、KEGG等注释信息，挖掘参与特定代谢途径或生物学过程的关键基因
- 非模式物种转录组分析: 作为蕨类植物转录组研究的参考数据集，支持基因表达、可变剪接等分析
- 植物进化生物学研究: 探讨蕨类植物在陆生植物进化过程中的基因创新和功能适应性
