基因功能富集分析数据集
数据来源:互联网公开数据
标签:基因功能富集,代谢通路,GO术语,分子机制,癌症研究,生物信息学,统计分析
数据概述:
本数据集包含了对一组49个异常低表达基因的基因功能富集分析结果,涉及代谢通路和基因本体论(GO)术语的详细信息。数据集提供了关键的统计指标,如调整后的p值、概率比(Odds Ratio)、综合得分(Combined Score)等,用于评估基因集合与特定功能或通路之间的关联性。数据结构清晰,主要字段包括:
- Gene_set:基因注释来源(例如MSigDB)。
- Term:富集的GO术语或代谢通路名称。
- Overlap:输入基因与注释基因集合的重叠情况。
- P-value 和 Adjusted P-value:富集分析的统计显著性,用于评估结果可靠性。
- Odds Ratio 和 Combined Score:衡量基因与特定功能或通路的关联强度。
- Genes:与每个富集项相关的基因列表。
- Collection:数据库分类,例如C2:CP(调控路径)或C5:GO(基因本体论)。
- geneSymbols:与富集项相关的基因符号名称。
数据用途概述:
该数据集适用于多种生物信息学和分子生物学研究场景,例如:
1. 基因相互作用网络构建:通过分析基因与功能或通路的关联,构建基因相互作用网络,揭示潜在的分子机制。
2. 生物标志物识别:基于富集结果,识别与特定疾病相关的潜在生物标志物,用于诊断或治疗预测。
3. 复杂疾病代谢通路分析:研究疾病发生发展过程中关键代谢途径的变化,为疾病机制研究提供线索。
4. 功能注释验证:评估基因集合的功能富集结果,验证已知或潜在的分子功能。
5. 癌症相关研究:针对与细胞粘附、细胞-基质相互作用和上皮-间质转化等过程相关的基因,为癌症研究提供支持。
数据格式:
数据以CSV格式存储,易于导入和处理,支持R、Python等主流数据分析工具,同时也兼容数据可视化平台。
总结:
本数据集为研究人员提供了全面的基因功能富集分析结果,有助于深入理解基因集合的功能特征和分子机制,特别适用于癌症研究、复杂疾病分析以及生物信息学领域的相关探索。通过统计指标和详细的基因关联信息,数据集为基因功能研究和分子机制解析提供了有力支持。