数据集概述
本数据集来自大西洋鲭鱼（Scomber scombrus）种群结构研究，包含高质量基因组测序及注释结果（741 Mb），并利用RAD-seq技术进行SNP标记发现与基因分型。研究基于数千个SNP标记分析，结果显示大西洋鲭鱼分为西北大西洋、东北大西洋、地中海三个遗传单元，未发现产卵群体存在遗传分化的证据。数据集包含9个相关文件。
文件详解
- 代码文件（.r格式）
- 文件名称：ld_pruning.r、admixture.r
- 文件格式：R
- 字段映射介绍：包含种群遗传学分析相关代码，分别用于连锁不平衡修剪和混合群体结构分析
- 脚本文件（.sh格式）
- 文件名称：mapping_ref.sh、clean.sh、admixture_bash.sh、bayescan.sh、gstacks_dedup.sh
- 文件格式：Shell
- 字段映射介绍：包含基因组映射、数据清洗、混合分析批处理、贝叶斯扫描、基因型去重等生物信息学分析流程脚本
- 数据文件（.xlsx格式）
- 文件名称：TableS1.xlsx
- 文件格式：XLSX
- 字段映射介绍：研究相关的补充表格数据，具体内容未提供预览
- 文档文件（.docx格式）
- 文件名称：Extended_Data.docx
- 文件格式：DOCX
- 字段映射介绍：研究的扩展数据说明文档，具体内容未提供预览
数据来源
文章“Atlantic mackerel population structure does not support genetically distinct spawning components”
适用场景
- 海洋渔业种群管理：用于评估大西洋鲭鱼种群遗传结构，为渔业资源管理边界划分提供依据
- 种群遗传学研究：分析物种遗传分化、种群 connectivity 及适应性进化机制
- 基因组学应用：利用高质量参考基因组开展RAD-seq数据的SNP标记开发与基因分型研究
- 生物信息学方法验证：测试连锁不平衡修剪、混合群体分析等种群遗传学分析流程的有效性
