数据集概述
本数据集为LDna（连锁不平衡网络分析）相关研究数据，包含按蚊和三刺鱼两个测试案例的基因组数据，以及模拟、代码等文件。旨在通过LD网络分析识别染色体倒位、局部适应等进化现象，适用于非模式物种研究，共12个文件。
文件详解
- 按蚊RAD-seq数据文件
- 文件名称：RAD_baimaii_geographic_coordinates.tsv、RAD_baimaii_BLAT.tsv、RAD_baimaii_filtered_SNPs.tsv、RAD_baimaii_RAW_alleles.tsv、RAD_baimaii_Rqtl.RData、RAD_baimaii_filtered_fullsequence.tsv、RAD_baimaii_filtered.tsv、RAD_baimaii_RAW_numbers.tsv
- 文件格式：TSV、RData
- 字段映射介绍：包含地理坐标、BLAT比对结果、过滤后SNPs、原始等位基因、Rqtl数据、全序列等信息，覆盖原始与处理后数据
- 模拟与代码文件
- 文件名称：LDna_simulation.zip、RAD_LDna_sample_Rcode.zip、Stickleback_r2.tsv.zip
- 文件格式：ZIP
- 字段映射介绍：LDna模拟数据、示例R代码、三刺鱼r²数据压缩包
数据来源
论文“Linkage disequilibrium network analysis (LDna) gives a global view of chromosomal inversions, local adaptation and geographic structure”
适用场景
- 进化现象分析: 识别染色体倒位、局部适应、地理结构等进化相关现象
- 非模式物种研究: 无需连锁图谱或参考基因组，适用于非模式物种的群体基因组数据分析
- 基因组数据探索: 作为探索性工具，全局概述LD相关的多样进化现象
- 生物信息学方法验证: 验证LDna方法在不同物种（如按蚊、三刺鱼）中的应用效果
- 进化研究辅助: 辅助定位潜在参与进化过程的基因位点
