数据集概述
本数据集为Ledebouriinae属（天门冬科绵枣儿亚科）的历史生物地理学研究数据，涵盖195个类群（含86个内群类群）的系统发育重建、分化时间估算及生物地理分析结果，包含23个相关文件，支持探究该类群在撒哈拉以南非洲、马达加斯加及欧亚大陆的分布历史与演化机制。
文件详解
- 文档类文件
- 文件名称：README.txt
- 文件格式：TXT
- 字段映射介绍：描述论文“From southern Africa and beyond: historical biogeography of the Ledebouriinae”的系统发育重建、分化时间估算及生物地理分析的输入与输出文件说明
- 系统发育与分化时间分析文件
- 文件名称：SortaDate.Ledebouriinae.supermatrix.nexus、SortaDate.Ledebouriinae.partition、Ledebouriinae.treePL.best_scheme.partition、Ledebouriinae_treePL_HPD_dated.tre、Ledebouriinae_treePL_100trees.nexus、Ledebouriinae.treePL.constraint.tree.tre
- 文件格式：NEXUS、TRE、文本
- 字段映射介绍：包含超级矩阵数据、分区信息、treePL分析的最优方案、分化时间估算的置信区间树及约束树等
- 生物地理分析文件
- 文件名称：Ledebouriinae_biogeography_phylo.tre、Ledebouriinae_geography_file.phy、CladeA.geography.file.phy、Ledebouriinae_treePL_DEC_output.Rdata、Ledebouriinae_treePL_DIVALIKE_output.Rdata、Ledebouriinae_treePL_BAYAREALIKE_output.Rdata、CladeA.BioGeoBEARS_posterior_trees_count_events_v35.R、Ledebouriinae.BioGeoBEARS.analysis.R
- 文件格式：TRE、PHY、Rdata、R
- 字段映射介绍：包含生物地理分析用系统发育树、地理信息文件、BioGeoBEARS不同模型的输出结果及分析脚本
- 基因与序列文件
- 文件名称：SortaDate_Ledebouriinae_genes_to_include.txt、Ledebouriinae.biogeography.exon.supermatrix.fasta、Ledebouriinae.biogeography.exon.partition
- 文件格式：TXT、FASTA、文本
- 字段映射介绍：包含分析涉及的基因列表、外显子超级矩阵序列及分区信息
- 其他分析文件
- 文件名称：CladeA.Ledebouria.supermatrix.nexus、CladeA.burned.trees.txt、CladeA.xml
- 文件格式：NEXUS、TXT、XML
- 字段映射介绍：包含Clade A类群的超级矩阵、烧树文件及XML元数据文件
数据来源
论文“From southern Africa and beyond: historical biogeography of a monocotyledonous bulbous geophyte”
适用场景
- 植物系统发育研究: 用于Ledebouriinae属的系统发育关系重建与分化时间估算
- 生物地理演化分析: 探究Ledebouriinae属在撒哈拉以南非洲、马达加斯加及欧亚大陆的分布历史与扩散路径
- 植物演化机制研究: 分析干旱化及造山运动对Ledebouriinae属分化与分布的影响
- 植物类群分类学研究: 支持Ledebouriinae属的分类修订与类群界定
