数据集概述
本数据集围绕柳莺迁徙表型相关的重复富集区域,收集了转座因子(TE)景观分析、核苷酸比对、遗传数据统计等多类型文件,用于支撑相关研究,为理解转座因子在迁徙表型中的作用提供数据基础。
文件详解
该数据集包含多种类型的文件,具体说明如下:
- HTML文件(共9个):
- 如TE_landscape_scaffold35_ww.html、whole_genome_TE_landscape.html等:提供转座因子景观可视化结果,展示不同基因组区域的转座因子分布情况。
- CSV文件(共5个):
- for histogram pure subspecies.csv:包含不同纯亚种样本的遗传标记(如HNN、HNS等)统计数据,用于生成直方图分析。
- FOR PURE GENOT-LATITUDE.csv:记录纯基因型样本与纬度相关的遗传数据。
- for histogram all samples and location.csv:整合所有样本及其地理位置的遗传标记统计数据。
- for histogram allopatric.csv:提供异域分布样本的遗传标记统计数据。
- ALL SAMPLES TOGETHER.csv:汇总所有样本的综合数据。
- NEWICK文件(共1个):
- Nucleotide alignment 2 tree_illuminaseq_included.newick:基于核苷酸比对构建的系统发育树文件,包含Illumina测序数据。
- FASTA文件(共1个):
- Nucleotide alignment 2.fasta:核苷酸序列比对文件,存储基因序列数据。
适用场景
- 基因组学研究:分析柳莺基因组中转座因子的分布特征及其与迁徙表型的关联。
- 进化生物学研究:通过系统发育树探究柳莺不同亚种的进化关系及迁徙适应性演化。
- 生态学研究:结合样本地理位置数据,研究迁徙行为与遗传标记的相关性。
- 生物信息学分析:利用转座因子景观数据和序列比对结果,开展基因组结构与功能的关联分析。