数据集概述
本数据集为玉米顺式调控元件整合图谱相关数据，包含保守非编码序列、可及染色质区域、未甲基化区域及整合顺式调控元件（iCREs）的基因组坐标，覆盖玉米基因组v4和v5版本；同时包含基因调控网络边列表文件及基因本体富集分析结果，支持玉米基因调控机制研究。
文件详解
- 玉米基因组坐标数据集（Dataset S1相关文件）
- 文件名称：Dataset_S1_BLSSpeller_v5.bed、Dataset_S1_ACRs_v5.bed、Dataset_S1_msa_pipeline_v4.bed、Dataset_S1_conservatory_v5.bed、Dataset_S1_iCREs_maxF1_v4.bed等
- 文件格式：BED
- 字段映射介绍：包含BLSSpeller、msa_pipeline、funTFBS、Song-2021、Conservatory等保守非编码序列数据集、ACR（可及染色质区域）、UMR（未甲基化区域）、all iCREs、max F1 iCREs的玉米基因组v4/v5版本坐标信息
- 基因调控网络文件（Dataset S2相关文件）
- 文件名称：Dataset_S2_GRN_files.tar.gz
- 文件格式：GZ（压缩包）
- 字段映射介绍：本研究构建的所有基因调控网络的边列表文件压缩包
- 基因本体富集分析文件（Dataset S3相关文件）
- 文件名称：Dataset_S3_GO_enrichment_GRNs.tar.gz
- 文件格式：GZ（压缩包）
- 字段映射介绍：基于“all iCREs”基因调控网络的基因本体富集分析结果压缩包
- 补充表格文件
- 文件名称：Supplementary_tables.xlsx
- 文件格式：XLSX
- 字段映射介绍：研究相关的补充表格数据
数据来源
论文“A map of integrated cis-regulatory elements enhances gene regulatory analysis in maize”
适用场景
- 玉米基因调控机制研究：利用iCREs及基因调控网络数据，分析玉米基因表达调控的分子机制
- 玉米基因组功能元件注释：基于保守非编码序列、ACR、UMR等数据，完善玉米基因组功能元件注释体系
- 基因本体富集分析：通过Dataset S3的富集结果，探究玉米调控网络相关基因的功能分类
- 玉米基因组版本兼容性研究：对比v4和v5版本的元件坐标数据，分析基因组版本更新对调控元件研究的影响
