数据集概述
本数据集包含论文“Turnover in life-strategies recapitulates marine microbial succession colonizing model particles”的处理后输入数据及补充结果，涵盖海洋微生物定殖模型粒子的生命策略周转与演替相关的基因丰度、序列变异、元数据及可视化结果等，支持微生物生态学分析。
文件详解
- 输入数据文件
count_table.ESV.biom：BIOM格式，包含不同样本中每个精确序列变体（ESV）的丰度表count-table_metagenomes_KEGGs.L3.spf：SPF格式（TSV结构），宏基因组实验中KEGG注释基因在Level 3层级的丰度表，可直接用于STAMP统计分析count_table_PICRUST2_KEGGs.L3.spf：SPF格式（TSV结构），PICRUSt v2预测基因在KEGG Level 3层级的丰度表，可直接用于STAMP统计分析count-table_Isolates_KEGGs.L3.spf：SPF格式（TSV结构），分离株基因组中KEGG注释基因在Level 3层级的丰度表，可直接用于STAMP统计分析samples_metadata.tsv：TSV格式，样本元数据表isolates_metadata.tsv：TSV格式，分离株元数据表，含系统发育信息及环境偏好分类sequences.ESV.fasta：FASTA格式，精确序列变体的序列文件- 补充材料文件
qiime2_visualizations.zip：ZIP格式，含QIIME2兼容的可视化文件，支持样本或组合样本的结果查看README.odt：ODT格式，LibreOffice格式的说明文档Genome_deposition_information.xlsx：XLSX格式，分离株基因组的NCBI标识符信息barcodes_to_samples_MGRAST.xlsx：XLSX格式，样本条形码及MG-RAST元数据，含低读数样本的混合处理记录
数据来源
论文“Turnover in life-strategies recapitulates marine microbial succession colonizing model particles”（Pascual-García等，2022）
适用场景
- 海洋微生物演替研究：分析模型粒子定殖过程中微生物群落的生命策略周转规律
- 微生物基因功能分析：基于KEGG注释基因丰度数据，研究不同来源（宏基因组、预测、分离株）的微生物功能特征
- 微生物多样性可视化：通过QIIME2可视化文件查看样本群落结构及多样性结果
- 微生物环境偏好研究：利用分离株元数据中的环境偏好分类，分析微生物与环境的关联
- 宏基因组数据整合：结合MG-RAST平台的原始及处理数据，开展多维度微生物生态分析
