MD_dynamics_data_Based_改进型光控致幻剂计算设计模拟数据_archive

数据集概述

本数据集为改进型光控致幻剂的计算设计模拟数据，包含LSD及化合物1、34的顺反异构体的动力学模拟输入文件、配体-蛋白结合自由能数据，以及伞形采样模拟窗口示例和平均力势谱，用于分析光吸收、膜渗透及蛋白结合特性。

文件详解

• inputs文件夹
• 文件内容：包含LSD及化合物1、34的顺反异构体的重启（坐标）与参数文件，以及完整的能量最小化、加热和生产动力学模拟输入文件
• mmgbsa文件夹
• 文件内容：包含LSD及化合物1、34的顺反异构体的配体-蛋白结合自由能数据，以及残基分解贡献数据
• umbrella文件夹
• 文件内容：包含伞形采样模拟窗口输入示例，以及化合物1、34的顺反异构体的平均力势谱数据
• 压缩文件：MD_dynamics_data.zip，格式为ZIP，包含上述所有文件夹及文件

适用场景

• 药物分子设计优化: 基于光吸收、膜渗透及蛋白结合特性，设计改进型光控致幻剂分子
• 分子动力学模拟分析: 利用动力学输入文件和模拟数据，研究分子构象变化及动力学行为
• 配体-蛋白相互作用研究: 通过结合自由能及残基分解数据，分析分子与蛋白的结合机制
• 膜渗透特性评估: 借助伞形采样模拟数据，探究分子的膜渗透能力及相关热力学特征