数据集 - 海数据

Zenodo_Source_二肽和三肽通透酶A运输循环构象景观数据

2026年1月27日 30 124 76

数据集概述本数据集聚焦二肽和三肽通透酶A（DtpA）的运输循环构象景观，包含六个相关文件，涵盖说明文档与多个压缩文件，为研究DtpA在运输过程中的结构变化提供数据支持。文件详解说明文档文件名称：Readme_zenodo.docx 文件格式：DOCX 字段映射介绍：包含数据集相关说明信息，具体内容需参考文档内详情。压缩文件...

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OR5K1_Based_G蛋白偶联受体正构结合位点分子动力学模拟数据

2026年2月6日 0 95 23

数据集概述本数据集包含G蛋白偶联气味受体OR5K1的分子动力学（MD）模拟拓扑、参数及坐标文件。数据基于AlphaFold 2（AF2）和同源建模（HM）构建的OR5K1三维模型，使用ACEMD3（v3.5.1）引擎及CHARMM36力场，涵盖两种模型各三个100 ns重复模拟轨迹，已移除原始轨迹中的水分子、离子及膜原子（POPC）。文件详解...

eLife_电压门控质子通道_结构动力学与门控机制研究数据

2026年1月29日 30 152 90

数据集概述本数据集为人类电压门控质子通道（hHv1）的结构动力学研究数据，包含单分子荧光共振能量转移（smFRET）实验相关的原始数据与说明文档。研究通过分析S4片段在不同电压和pH条件下的构象变化，揭示电压与pH调控通道门控的机制，提出解释Hv通道门控的动力学模型。文件详解 README.txt 文件格式：TXT...

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SmFRET_Based_酵母Hsp90分子动力学追踪数据

2026年1月29日 30 67 22

数据集概述本数据集包含58个酵母Hsp90分子在AMP-PNP存在下的单分子FRET（SmFRET）追踪文件，记录了不同激发条件下随时间变化的原始荧光强度值，用于解析蛋白动力学过程。数据集以压缩包形式提供，共包含一个文件。文件详解文件名称：yHsp90_AMP-PNP_trace files.zip 文件格式：ZIP...

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Validation_氨基酸构象状态预测时间序列技术验证数据

2026年1月29日 30 151 132

数据集概述本数据集是生物信息学硕士项目的成果，用于验证时间序列技术在预测氨基酸构象状态中的应用。数据集包含一个压缩文件，无训练/测试、数据/标签或原始/处理数据的划分，未提供README或内容预览。文件详解文件名称：sagarnikam123/bioinfoProject-v1.0.0.zip 文件格式：ZIP...

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DtpA_Based_二肽和三肽通透酶A转运循环构象景观模拟数据

2026年1月28日 30 113 47

数据集概述本数据集围绕二肽和三肽通透酶A（DtpA）的转运循环构象景观展开，包含模拟运行所需的输入、结构、参数文件，分析脚本及亚稳态模型文件，共七个文件，支持对DtpA转运机制的分子动力学模拟与构象分析。文件详解文档文件文件名称：Readme_zenodo.docx 文件格式：DOCX...

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Cyt_c_DNA_Based细胞色素c与DNA相互作用研究数据

2026年1月28日 30 13 3

数据集概述本数据集包含细胞色素c（Cyt c）与DNA混合体系的实验及分子动力学（MD）模拟研究数据，涵盖构象变化、过氧化物酶活性及结合机制等内容，通过实验与模拟结合验证了两者相互作用的结构与功能关联，共14个文件。文件详解...

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REST2_CMD_Based分子动力学模拟输入参数及初始构象数据

2026年1月27日 30 185 52

数据集概述本数据集包含REST2和CMD两种模拟所需的输入文件、参数文件及初始构象数据，共6个文件，均为zip格式，涉及单体、五聚体、十聚体及其带CA修饰的构象，可用于分子动力学模拟相关研究。文件详解单体构象文件：Monomer.zip，格式为zip，包含单体模拟的输入、参数及初始构象数据...

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PDB_2xtt_Based_PDB结构2xtt成对ADP距离过滤数据

2026年1月22日 30 157 108

数据集概述本数据集包含PDB结构2xtt中低于阈值的成对ADP距离信息，涵盖欧氏距离、黎曼距离等8种距离计算方式，并过滤掉黎曼距离高于0.8的记录，为蛋白质结构分析提供结构化的距离数据支持。文件详解文件名称：distances_totalall_2xtt_filtered.xlsx 文件格式：XLSX...

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Metadynamics_Source_萃取剂构象自由能景观模拟输入脚本

2026年1月22日 30 6 2

数据集概述本数据集包含用于Metadynamics模拟的输入脚本，核心主题是揭示萃取剂的构象自由能景观。数据集以单个压缩包形式提供，无目录结构或数据分割，可用于分子动力学模拟相关的计算化学研究。文件详解压缩包文件文件名称：MTD_ligand_design.zip 文件格式：ZIP...

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NatComm_2021_绿光吸收蛋白视紫红质冷冻电镜结构与动力学研究数据

2026年1月21日 30 59 43

数据集概述本数据集为《Cryo-EM structure and dynamics of the green-light absorbing proteorhodopsin》一文的支撑数据，包含论文中图表对应的数值数据及方法描述文档，是研究绿光吸收蛋白视紫红质结构与动力学特性的关键材料，相关冷冻电镜图谱和蛋白质坐标已分别存于EMDB和PDB数据库。...

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Sci_Adv_Data_deposit_Hsp90客户结合构象变化补充数据

2026年1月20日 30 201 57

数据集概述本数据集为论文“Client binding shifts the populations of dynamic Hsp90 conformations through an allosteric...

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TIM_data_package_dryad_三磷酸甘油醛异构酶疏水钳建模数据

2026年1月19日 30 31 26

数据集概述本数据集聚焦三磷酸甘油醛异构酶（TIM）的疏水钳催化机制，包含野生型及I170A、L230A、I170A/L230A突变体催化二羟丙酮磷酸（DHAP）和甘油醛磷酸（GAP）异构化的相关数据，通过经验价键计算解析疏水钳对底物去质子化的影响，为酶催化机制研究提供分子层面的参考。文件详解...

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MD_Based_Asymmetric_CorA门控机制分子动力学模拟再现数据集

2026年1月15日 30 82 66

数据集概述本数据集用于再现论文中描述的分子动力学（MD）模拟研究，核心内容为Asymmetric CorA门控机制相关的模型与参数文件，仅包含一个压缩文件，可支持相关模拟实验的复现与验证。文件详解文件名称：send.zip 文件格式：ZIP 字段映射介绍：为压缩文件，包含论文“An asymmetric CorA gating mechanism...

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MATLAB_Based_Q108R_atREA复合物RBT处理与MD模拟数据集

2026年1月15日 30 76 10

数据集概述本数据集包含Q108R-atREA复合物的分子动力学（MD）模拟结果及刚体变换（RBT）处理的MATLAB源码。模拟结果聚焦Lys-40、Gln-65、Arg-108的质心和偶极矩，源码用于轨迹对齐与运动分析，可结合位置和取向关系评估分子运动一致性，以压缩包形式提供。文件详解文件名称：realMD_RBT.zip 文件格式：ZIP...

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MD_SARS_CoV_2_Spike_Protein电场效应分子动力学模拟数据

2026年1月15日 30 15 9

数据集概述本数据集包含SARS-CoV-2刺突蛋白片段及计算机模拟突变体在中等外电场下的全原子分子动力学模拟轨迹，部分模拟最终结构通过PyDOCK与ACE2受体进行计算机对接，以评估构象变化的影响。数据集共4个压缩文件，涵盖不同蛋白结构、突变体及对接结果。文件详解文件名称：trajectories_6vsb_dt1ns.zip 文件格式：ZIP...

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数据5_HT1AR_MD_Simulations_非活性活性状态及电场调控机制模拟数据

2026年1月14日 30 13 9

数据集概述本数据集包含5-HT1AR受体在非活性/活性状态下的分子动力学（MD）模拟输入文件及参数文件，涉及APO、SRO、EF0.01、EF0.03四个系统，用于研究电场调控5-HT1AR受体的分子机制。文件详解压缩文件包文件名称：EF0.01.zip、SRO.zip、APO.zip、EF0.03.zip 文件格式：ZIP...

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Cartesian_Coordinates_Ni_II_介导三肽自组装构象与配位稳定性数据

2026年1月13日 30 182 49

数据集概述本数据集包含Ni(II)介导柔性三肽自组装过程中的构象变化与配位稳定性相关笛卡尔坐标信息，为研究金属离子与肽相互作用机制提供基础数据支持。文件详解文件名称：Cartesian Coordinates.docx 文件格式：DOCX 字段映射介绍：文档类文件，推测包含与三肽构象变化、配位稳定性相关的笛卡尔坐标数据，具体字段需参考文档内容...

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Dataset_manuscript_based_细胞色素bc1_Qo位点质子转移路径模拟数据

2026年1月12日 30 82 4

数据集概述本数据集为支持手稿研究而构建，包含细胞色素bc1中Qo位点质子转移路径相关的分子动力学模拟初始构型与拓扑文件，可用于复现该研究的核心模拟过程，探究Qo位点的柔性、水合作用对质子转移多路径的影响机制。文件详解文件名称：structure_and_topology.zip 文件格式：ZIP...