数据集概述
本数据集包含SARS-CoV-2刺突蛋白片段及计算机模拟突变体在中等外电场下的全原子分子动力学模拟轨迹，部分模拟最终结构通过PyDOCK与ACE2受体进行计算机对接，以评估构象变化的影响。数据集共4个压缩文件，涵盖不同蛋白结构、突变体及对接结果。
文件详解
- 文件名称：trajectories_6vsb_dt1ns.zip
- 文件格式：ZIP
- 字段映射介绍：包含基于Protein Data Bank ID 6VSB（含RBD、SD1、SD2片段）的模拟轨迹，轨迹为GROMACS压缩格式（.xtc），时间步长1ns，模拟时长300纳秒至1微秒，电场强度范围104 V/m至107 V/m，含109 V/m高强度短模拟
- 文件名称：trajectories_6m0j_dt1ns.zip
- 文件格式：ZIP
- 字段映射介绍：包含基于Protein Data Bank ID 6M0J（仅RBD片段）的模拟轨迹，格式及参数同上述6VSB轨迹文件
- 文件名称：trajectories_in-silico_mutations_dt1ns.zip
- 文件格式：ZIP
- 字段映射介绍：包含WHO关注变异株（英国、南非、巴西）对应的计算机模拟突变体的模拟轨迹，格式及参数同上
- 文件名称：docked_structures_6m0j.zip
- 文件格式：ZIP
- 字段映射介绍：包含PyDOCK输出的6M0J结构各场景下得分最高的100个对接结构，格式为PDB
适用场景
- 病毒蛋白质结构研究: 分析SARS-CoV-2刺突蛋白在电场下的构象变化及稳定性
- 药物靶点机制分析: 通过对接结构评估刺突蛋白与ACE2受体结合的构象影响因素
- 变异株功能特性研究: 探究关注变异株突变对蛋白质电场响应及受体结合能力的影响
- 生物物理模拟方法验证: 验证分子动力学模拟在蛋白质-电场相互作用研究中的应用价值
