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人参皂苷F1生产相关多功能糖苷酶分子模拟数据集
2025年12月16日 30 111 104
数据集概述 该数据集包含人参皂苷F1生产相关的分子对接及动力学模拟数据，针对野生型β-葡萄糖苷酶BgDU及其DUase突变体与底物NG-R1、G-Rg1的结合动态及构象变化，开展了四组独立模拟研究，为糖苷酶结构工程改造提供数据支持。 文件详解 数据集包含四个核心文件夹，具体说明如下： - Docking Structure文件夹： -...
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轴突膜粗粒化模型数据集
2025年12月15日 30 39 10
数据集概述 本数据集提供了轴突膜的粗粒化（CG）模型相关文件，支持分子动力学模拟研究。模型基于MARTINI 2.2力场构建，包含平衡态轴突膜结构、拓扑文件、参数示例及说明文档，为轴突膜力学特性与破裂机制分析提供数据基础。 文件详解 文件名称及格式： axolemma.gro：GROMACS坐标格式文件，存储平衡态轴突膜的结构数据...
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DPPC双层膜全水合分子动力学模拟轨迹及相关文件
2025年12月13日 30 136 76
数据集概述 该数据集包含DPPC脂质双层膜在全水合条件下的分子动力学模拟轨迹及相关文件，基于GROMOS 53A6_L力场和Reaction Field静电计算方法，模拟时长100纳秒，温度323K，含128个DPPC分子与5841个水分子，为膜结构研究提供数据支持。 文件详解 文件名称: md.tpr，文件格式:...
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基于NMR_NOE对距离测量的全原子核酸力场精准优化数据集
2025年12月11日 30 42 27
数据集概述 本数据集提供两种优化后的全原子核酸力场文件，基于核磁共振NOE对距离测量结果进行精准优化，以GROMACS格式存储，支持分子动力学模拟研究。 文件详解 文件名称：OL3_vdW7.ff.zip，文件格式：ZIP压缩包，包含GROMACS格式的OL3-vdW7核酸力场文件...
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选择性雄激素受体调节剂与蛋白质相互作用的计算研究数据集
2025年12月10日 30 69 25
数据集概述 本数据集围绕选择性雄激素受体调节剂（SARMs）展开，通过计算方法研究其与雄激素受体、5-α还原酶蛋白的相互作用，包含相关分子动力学轨迹文档及输入参数文件。 文件详解 PDF文档文件（共11个）：...
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腔肠素吸收光谱建模数据集
2025年12月10日 30 112 97
数据集概述 该数据集支持一项关于腔肠素吸收光谱的建模研究，核心围绕内部柔性、态间耦合及显式环境调控的作用展开。包含分子动力学输入文件、优化结构文件、线性振动耦合文件及说明文档，为研究腔肠素光谱特性提供数据支持。 文件详解 文件名称: Readme.txt 文件格式: TXT (.txt) 内容:...
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MD模拟与AFM图像文件数据集
2025年12月9日 30 146 0
数据集概述 本数据集包含两类核心内容：一类是通过GROMACS 4.7.0进行的分子动力学（MD）模拟数据，研究不同单价（Na+、K+）和二价（Mg2+、Ca2+、Sr2+）阳离子与Drew-Dickerson B-DNA十二聚体的相互作用；另一类是通过JPK Nanowizard ULTRA...
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聚合物_脂质溶液分子动力学模拟的RNN预测数据集2022
2025年12月8日 30 18 6
数据集概述 本数据集包含用于研究聚合物-脂质溶液分子动力学模拟的文件与脚本，涉及GROMACS拓扑结构、初始结构文件，以及用于计算相互作用能、PyTorch模型训练和期望最大化聚类的脚本，还包括势能与相互作用能时间序列数据及相关预印本。 文件详解 GROMACS相关文件： DSPE+PEG.top：GROMACS拓扑文件，描述DSPE-...
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反相液相色谱流动相贡献的分子动力学模拟输入文件数据集
2025年12月6日 30 110 33
数据集概述 本数据集包含用于两篇反相液相色谱相关研究论文的分子动力学（MD）模拟输入文件，支持复现研究中所有模拟系统，涉及流动相（含甲醇、乙腈）、分析物及色谱柱孔隙的模拟配置。 文件详解 文件名称: input_files.zip 文件格式: ZIP压缩包 内容说明:...
