数据集概述
本数据集包含用于研究嵌段比例优化阳离子聚丙烯酰胺在电场下增强硝酸盐截留性能的分子动力学模拟数据及输入文件,涵盖平衡分子动力学(EMD)和非平衡分子动力学(NEMD)模拟的配置、力场和参数文件,支持复现相关研究结果。
文件详解
该数据集为压缩包格式,内部包含两个核心目录:
- EMD/ 目录(平衡MD模拟,GROMACS软件):
- final_configurations/:含不同嵌段比例(0:20、4:16等)聚合物的最终配置文件(md.gro),代表5条DCPAM链在0.1M NaNO₃盐浓度下的体系
- forcefields/:含各嵌段比例聚合物的拓扑(mol.itp)、结构(mol.pdb)、残基拓扑(mol.rtp)文件,以及离子(NO3.itp等)和TIP3P水模型(tip3p.itp)的力场文件
- mdp_files/:含能量最小化(em.mdp)、NPT平衡(npt.mdp)、生产MD(md.mdp)的GROMACS参数文件
- NEMD/ 目录(非平衡MD模拟,LAMMPS软件):
- forcefields/:含Moltemplate输入文件,包括聚合物、水、离子、石墨烯的力场文件(*.lt)
- input_files/:含LAMMPS主输入脚本(system.in)、初始化命令(system.in.init)、力场设置(system.in.settings)文件
适用场景
- 材料科学研究:分析不同嵌段比例阳离子聚丙烯酰胺的结构与性能关系
- 水处理技术开发:研究电场下聚合物对硝酸盐的截留机制及优化策略
- 分子动力学模拟方法验证:复现并验证GROMACS与LAMMPS软件在相关体系中的模拟结果
- 环境工程应用:为开发高效硝酸盐去除材料提供分子层面的理论支持