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MBOAT_家族蛋白的坐标文件_膜蛋白分子动力学模拟数据
2026年1月30日 30 38 20
数据集概述 本数据集包含膜结合O-酰基转移酶（MBOAT）家族蛋白的粗粒化（CG）和原子级分子动力学（MD）模拟首帧坐标文件，覆盖HHAT、PORCN、GOAT、DltB、ACAT1和DGAT1六种蛋白，支持研究该家族蛋白的结构与动态差异。 文件详解 文件名称：MBOAT_coordinates.zip 文件格式：ZIP...
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KRAS_G12X_Based_癌症突变概率与分子动力学分析数据集
2026年1月27日 30 14 10
数据集概述 本数据集为论文相关的研究数据，包含KRAS G12X突变体的突变概率数据、分子模拟的均方根波动（RMSF）数据、PyInteraph分析数据及分子动力学轨迹文件，用于支持KRAS G12突变体的突变概率评估和长时间尺度动力学研究。 文件详解 突变概率数据文件 文件名称：KRAS_G12X_mut_COSMICv79.xlsx...
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GROMACS_CHARMM36m_Aβ肽与Cu_II_复合物水_二氯乙烷界面分子动力学模拟数据
2026年1月9日 30 205 173
数据集概述 本数据集包含三种系统的分子动力学模拟输入、参数及轨迹文件：Aβ₁₋₁₆在水/二氯乙烷界面（含TB⁻）、Aβ₄₋₁₆在水/二氯乙烷界面（含TB⁻）、Aβ₄₋₁₆–Cu(II)复合物在水/二氯乙烷界面（含TB⁻）。模拟基于GROMACS 2020.6与CHARMM36m力场，含TB⁻、BA+等有机离子参数，pH...
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MD_Snapshots_Based_ɑ_hairpinin支架工程构建钾离子通道阻滞剂分子动力学模拟数据
2025年12月30日 30 180 68
数据集概述 本数据集包含25组Kv1.3通道与Tk-hefu肽类似物复合物的分子动力学（MD）模拟快照，记录模拟初始（0ns）和结束（110ns）状态，同时附带2份通道与肽间分子间相互作用分析的Excel表格，为钾离子通道阻滞剂研究提供结构动态数据支持。 文件详解 压缩文件（Kv1.3_Tk-hefu-deriv_complexes.zip）...
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MD_Based_DPPC_Berger_OPLS06_NaCl_1Mol_scaled_双层膜动力学完整数据
2025年12月21日 30 159 103
数据集概述 本数据集包含完全水合的DPPC双层膜与1摩尔氯化钠的分子动力学（MD）模拟轨迹及相关文件，采用OPLS-AA兼容的Berger-DPPC-06力场，模拟条件为323K，含72个脂质、2778个SPC水分子及51对钠氯离，轨迹时长120纳秒。 文件详解 模拟核心文件：...
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嵌段比例优化阳离子聚丙烯酰胺电场下硝酸盐截留增强分子动力学模拟数据集
2025年12月21日 30 182 71
数据集概述 本数据集包含用于研究嵌段比例优化阳离子聚丙烯酰胺在电场下增强硝酸盐截留性能的分子动力学模拟数据及输入文件，涵盖平衡分子动力学（EMD）和非平衡分子动力学（NEMD）模拟的配置、力场和参数文件，支持复现相关研究结果。 文件详解 该数据集为压缩包格式，内部包含两个核心目录： - EMD/ 目录（平衡MD模拟，GROMACS软件）： -...
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DPPC_Berger_OPLS06_NaCl_1Mol_Based_磷脂双分子层动力学模拟完整数据
2025年12月21日 30 22 2
数据集概述 该数据集包含1摩尔浓度氯化钠溶液中完全水合的DPPC双层膜的分子动力学模拟轨迹及相关文件，采用OPLSAA兼容的Berger-DPPC-06力场，模拟条件为323K，含72个脂质分子、2778个SPC水分子及51对钠氯离，轨迹时长120纳秒，分析最后60纳秒数据。 文件详解 模拟参数与配置文件： md.mdp：模拟参数文件，记录模拟条件设置...
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SND3膜插入酶分子动力学模拟数据集
2025年12月19日 30 127 25
数据集概述 本数据集包含研究论文“SND3 is the membrane insertase within a distinct SEC61 translocon complex”相关的分子动力学模拟文件，涵盖原子级和粗粒化模拟的参数、配置及分析代码，支持复现研究中的计算与可视化结果。 文件详解 文件名称:...
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OmpF通道残基电离预测的恒pH分子动力学模拟输入输出数据集
2025年12月18日 30 6 4
数据集概述 本数据集包含用于复现OmpF通道残基电离预测恒pH分子动力学（CpH-MD）模拟的输入文件及部分输出文件，作为预印本研究的补充资源，支持模拟可重复性与进一步分析。 文件详解 文件名称：Arxiu.zip 文件格式：ZIP压缩包 压缩包内包含（位于CpH-MD-DPPC目录）： 参数文件（.mdp格式）：恒pH分子动力学模拟参数配置...
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轴突膜粗粒化模型数据集
2025年12月15日 30 122 69
数据集概述 本数据集提供了轴突膜的粗粒化（CG）模型相关文件，支持分子动力学模拟研究。模型基于MARTINI 2.2力场构建，包含平衡态轴突膜结构、拓扑文件、参数示例及说明文档，为轴突膜力学特性与破裂机制分析提供数据基础。 文件详解 文件名称及格式： axolemma.gro：GROMACS坐标格式文件，存储平衡态轴突膜的结构数据...
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DPPC_Berger_OPLS06_Based_盐环境下DPPC双层膜分子动力学完整数据
2025年12月14日 30 202 15
数据集概述 本数据集包含完全水合的DPPC双层膜在1摩尔氯化钠环境下的分子动力学模拟轨迹及相关文件，采用OPLSAA兼容的Berger-DPPC-06力场，模拟时长120纳秒，分析了最后60纳秒的数据，为研究DPPC膜在盐环境中的结构与动力学提供支持。 文件详解 模拟配置与力场文件：...
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DMPC双分子层Gromos_53A6_Berger脂质200纳秒模拟数据集
2025年12月14日 30 83 39
数据集概述 本数据集包含DMPC双分子层的200纳秒分子动力学模拟数据，采用Gromos 53A6力场与Berger脂质参数构建，系统含128个DMPC脂质与3655个SPC水分子，共16853个原子，模拟前已平衡52纳秒，提供脂质面积与厚度分析结果。 文件详解 模拟配置与参数文件： dmpc.itp：ITP格式，脂质拓扑参数文件 npt-...
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Peter_Tieleman_DPPC_Berger_NaCl_Based_1molNaCl下DPPC双层膜MD模拟完整数据
2025年12月6日 30 158 97
数据集概述 该数据集包含1摩尔氯化钠（NaCl）环境下完全水合DPPC双层膜的分子动力学（MD）模拟轨迹及相关文件。采用Berger-DPPC-98力场和Gromos离子力场，模拟条件为323K、72个脂质分子、2778个SPC水分子及51对Na/Cl离子，轨迹时长120纳秒，分析使用最后60纳秒数据。 文件详解 分子动力学参数与拓扑文件：...
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Gromacs_DPPC_Berger_OPLS06_NaCl_Based_盐溶液中DPPC双层膜120ns模拟完整数据
2025年12月6日 30 182 72
数据集概述 本数据集包含150mM NaCl溶液中完全水合DPPC双层膜的分子动力学（MD）模拟轨迹及相关文件，采用Berger-DPPC-06力场与Gromacs 4.6.7生成，离子电荷缩放系数为0.7，提供120ns模拟数据及后60ns分析结果。 文件详解 模拟轨迹文件: md.xtc: 轨迹文件，存储120ns模拟的原子坐标信息...
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PeterTielemanLab_DPPC_Berger_NaCl_1Mol_Based_盐环境下DPPC双层膜动力学完整数据
2025年12月6日 30 195 32
数据集概述 本数据集包含完全水合的DPPC双层膜在1摩尔氯化钠环境下的分子动力学模拟轨迹及相关文件，基于Berger-DPPC-98力场和Gromacs 5.0.4软件生成，离子电荷缩放系数为0.7，模拟时长120纳秒。 文件详解 分子动力学模拟文件： md.gro：GROMACS结构文件，存储模拟系统的原子坐标与拓扑信息...
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小Boc保护赖氨酸环肽的阴离子复合物溶液数据集
2025年11月29日 30 131 110
数据集概述 本数据集记录了含Boc保护侧链的四、五、六元赖氨酸环肽与多种阴离子（氯、溴、碘、硝酸根等）在乙腈（MeCN）和二甲亚砜（DMSO）中的结合特性，包含ITC滴定、NMR测试及分子动力学模拟等实验数据，为研究环肽阴离子受体设计提供支持。 文件详解 该数据集按溶剂分类存储实验数据，具体说明如下： - DMSO溶剂实验数据（位于DMSO/目录下）：...
