数据集概述
该数据集包含1摩尔浓度氯化钠溶液中完全水合的DPPC双层膜的分子动力学模拟轨迹及相关文件，采用OPLSAA兼容的Berger-DPPC-06力场，模拟条件为323K，含72个脂质分子、2778个SPC水分子及51对钠氯离，轨迹时长120纳秒，分析最后60纳秒数据。
文件详解
- 模拟参数与配置文件：
- md.mdp：模拟参数文件，记录模拟条件设置
- topol.top：拓扑文件，定义系统分子组成及相互作用
- lipidopls.itp、dppc.itp、ions.itp：力场参数文件，分别记录脂质、DPPC及离子的力场参数
- ffgmx2.hdb：力场相关数据库文件
- 轨迹与结构文件：
- md.xtc、protonated.xtc：轨迹文件，存储分子动力学模拟轨迹数据
- md.gro：结构文件，记录模拟系统的初始或特定时刻结构
- 分析结果文件：
- orderparameters.xvg、na_density.xvg、cl_density.xvg、dppc_density.xvg：XVG格式的分析结果文件，分别记录序参数、钠密度、氯密度及DPPC密度数据
- md.edr：能量数据文件，存储模拟过程中的能量相关数据
- density.png：PNG格式图片文件，展示密度分析结果
适用场景
- 生物物理研究：分析DPPC双层膜在氯化钠溶液中的结构特性与动力学行为
- 力场验证：验证Berger-DPPC-06力场在离子溶液环境下的适用性
- 膜生物学研究：探究盐浓度对磷脂双分子层物理化学性质的影响
- 分子动力学模拟方法学研究：研究模拟参数设置对膜系统模拟结果的影响
