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乔丹_克莱因等人_2025_年关于蛋白质与膜相互作用的研究数据
2026年1月28日 30 7 6
数据集概述 本数据集基于粗粒化分子动力学模拟，研究含疏水条带的蛋白质区域与脂质膜的相互作用。通过系统改变疏水条带宽度、扭转程度及相互作用范围，观察到无相互作用、表面接触、倾斜插入三种状态，验证了Twister模型预测的膜变形模式，并基于疏水矩解释倾斜角度变化。数据集包含1个压缩文件。 文件详解...
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DPPC_Slipids_Based_全水合磷脂双分子层MD模拟数据_原始文件
2026年1月20日 30 177 50
数据集概述 本数据集包含全水合DPPC磷脂双分子层的分子动力学（MD）模拟轨迹及相关文件。采用Slipids力场与Gromacs 4.6.6软件，模拟条件为温度323K、128个脂质分子、3840个TIP3P水分子，共10个文件，涵盖模拟参数、结构、轨迹等关键数据。 文件详解 力场与拓扑文件...
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磁偶极子横向偏移的磁性Janus颗粒悬浮液剪切诱导组装与破碎数据集
2025年12月23日 30 67 47
数据集概述 本数据集对应研究“磁偶极子横向偏移的磁性Janus颗粒悬浮液剪切诱导组装与破碎”，包含模拟轨迹、簇尺寸分布及取向分析相关数据，通过压缩文件和说明文档呈现研究核心实验与分析结果。 文件详解 文件名称: Readme.txt，文件格式: TXT，内容: 提供数据集的整体说明，包括模拟轨迹、簇尺寸分布（Position-...
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MD_Based_DPPC_Berger_OPLS06_NaCl_1Mol_scaled_双层膜动力学完整数据
2025年12月21日 30 15 8
数据集概述 本数据集包含完全水合的DPPC双层膜与1摩尔氯化钠的分子动力学（MD）模拟轨迹及相关文件，采用OPLS-AA兼容的Berger-DPPC-06力场，模拟条件为323K，含72个脂质、2778个SPC水分子及51对钠氯离，轨迹时长120纳秒。 文件详解 模拟核心文件：...
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溶菌酶配体_蛋白质相互作用双分辨率模型研究支持数据集
2025年12月21日 30 108 32
数据集概述 本数据集为《溶菌酶配体-蛋白质相互作用双分辨率模型研究》的支持数据，包含结合自由能计算结果（湮灭法、解耦法）、模拟轨迹及参数调优数据，覆盖全原子与双分辨率模拟，支持不同计算工具结果对比。 文件详解 该数据集包含压缩目录、图表及说明文档，具体如下： - 核心目录（压缩文件）： -...
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宿主转移与病毒进化等位基因频率动态泰勒定律证据数据集
2025年12月21日 30 33 4
数据集概述 本数据集围绕宿主转移与病毒进化主题，提供等位基因频率动态分析结果，验证泰勒定律在其中的应用。包含模拟与随机游走的等位基因频率轨迹数据及相关可视化图表，支持病毒进化过程中等位基因频率波动规律的研究。 文件详解 数据文件： Allele frequency...
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DPPC_Berger_OPLS06_NaCl_1Mol_Based_磷脂双分子层动力学模拟完整数据
2025年12月21日 30 177 135
数据集概述 该数据集包含1摩尔浓度氯化钠溶液中完全水合的DPPC双层膜的分子动力学模拟轨迹及相关文件，采用OPLSAA兼容的Berger-DPPC-06力场，模拟条件为323K，含72个脂质分子、2778个SPC水分子及51对钠氯离，轨迹时长120纳秒，分析最后60纳秒数据。 文件详解 模拟参数与配置文件： md.mdp：模拟参数文件，记录模拟条件设置...
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深度学习偏置倾斜分布探索化学与催化数据集
2025年12月20日 30 54 52
数据集概述 本数据集包含神经网络训练数据、训练后的模型、模拟轨迹及PLUMED输入文件，支撑论文《Exploring Chemistry and Catalysis by Biasing Skewed Distributions via Deep...
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TrackMate_ExTrack模块模拟轨迹数据集
2025年12月16日 30 147 128
数据集概述 该数据集包含用于TrackMate-ExTrack模块教程的模拟轨迹数据，TrackMate-ExTrack是ExTrack软件的Java移植版本。数据以XML、JSON和PNG格式存储，为相关软件教程提供基础模拟数据支持。 文件详解 该数据集包含四个文件，具体说明如下： - XML文件（共两个）: - simulated-tracks-...
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能量依赖的蛋白质折叠模拟数据集
2025年12月13日 30 44 32
数据集概述 本数据集包含针对P1-P5肽段的全原子分子动力学（MD）模拟轨迹数据，以及相关研究文档，为探究能量依赖的蛋白质折叠机制提供数据支持。 文件详解 轨迹数据文件: trajectories.zip: ZIP压缩格式，包含P1-P5肽段的全原子分子动力学模拟轨迹原始数据 研究文档: m2020nepfSF1.pdf:...
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DPPC双层膜全水合分子动力学模拟轨迹及相关文件
2025年12月13日 30 68 31
数据集概述 该数据集包含DPPC脂质双层膜在全水合条件下的分子动力学模拟轨迹及相关文件，基于GROMOS 53A6_L力场和Reaction Field静电计算方法，模拟时长100纳秒，温度323K，含128个DPPC分子与5841个水分子，为膜结构研究提供数据支持。 文件详解 文件名称: md.tpr，文件格式:...
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测试开发模拟轨迹压缩包
2025年12月9日 30 136 100
数据集概述 本数据集为测试用途压缩包，包含分子动力学（MD）模拟轨迹数据。轨迹数据源自现有数据库，xtc文件缩短至1纳秒以加快下载速度，关联特定出版物，整体用于测试场景。 文件详解 文件名称: zipped.zip 文件格式: .zip（压缩文件） 内容说明: 压缩包内包含分子动力学模拟轨迹数据，其中xtc格式轨迹文件时长为1纳秒，数据源自IDP...
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DPPC_Berger_OPLS06_NaCl分子动力学模拟数据集
2025年12月5日 60 15 2
数据集概述 本数据集包含使用OPLSAA兼容的Berger-DPPC-06力场进行的、含150mM NaCl的完全水合DPPC双层膜分子动力学模拟轨迹及相关文件，模拟条件为323K、72个脂质分子、2880个SPC水分子及8个Na和Cl离子，轨迹时长120ns，分析了最后60ns数据。 文件详解 模拟配置文件：...
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Peter_Tieleman_DPPC_Berger_NaCl_Based_1molNaCl下DPPC双层膜MD模拟完整数据
2025年12月6日 30 139 50
数据集概述 该数据集包含1摩尔氯化钠（NaCl）环境下完全水合DPPC双层膜的分子动力学（MD）模拟轨迹及相关文件。采用Berger-DPPC-98力场和Gromos离子力场，模拟条件为323K、72个脂质分子、2778个SPC水分子及51对Na/Cl离子，轨迹时长120纳秒，分析使用最后60纳秒数据。 文件详解 分子动力学参数与拓扑文件：...
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DPPC_Berger_NaCl_scaled分子动力学模拟数据集
2025年12月6日 30 165 121
数据集概述 该数据集包含150mM氯化钠溶液中完全水合的DPPC双层膜的分子动力学模拟轨迹及相关文件。使用Peter Tieleman提供的Berger-DPPC-98力场与Gromacs...
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Gromacs_DPPC_Berger_OPLS06_NaCl_Based_盐溶液中DPPC双层膜120ns模拟完整数据
2025年12月6日 30 136 63
数据集概述 本数据集包含150mM NaCl溶液中完全水合DPPC双层膜的分子动力学（MD）模拟轨迹及相关文件，采用Berger-DPPC-06力场与Gromacs 4.6.7生成，离子电荷缩放系数为0.7，提供120ns模拟数据及后60ns分析结果。 文件详解 模拟轨迹文件: md.xtc: 轨迹文件，存储120ns模拟的原子坐标信息...
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PeterTielemanLab_DPPC_Berger_NaCl_1Mol_Based_盐环境下DPPC双层膜动力学完整数据
2025年12月6日 30 186 184
数据集概述 本数据集包含完全水合的DPPC双层膜在1摩尔氯化钠环境下的分子动力学模拟轨迹及相关文件，基于Berger-DPPC-98力场和Gromacs 5.0.4软件生成，离子电荷缩放系数为0.7，模拟时长120纳秒。 文件详解 分子动力学模拟文件： md.gro：GROMACS结构文件，存储模拟系统的原子坐标与拓扑信息...
