数据集概述
该数据集包含150mM氯化钠溶液中完全水合的DPPC双层膜的分子动力学模拟轨迹及相关文件。使用Peter Tieleman提供的Berger-DPPC-98力场与Gromacs 5.0.4软件构建，离子采用gromos力场并缩放电荷至0.7倍。模拟条件为323K、72个脂质分子、2880个SPC水分子及8个钠氯离子，轨迹时长120ns，分析使用最后60ns数据。
文件详解
- 分子动力学模拟核心文件：
- md.xtc、protonated.xtc：轨迹文件，.xtc格式，记录分子动力学模拟过程中粒子的位置和速度信息
- md.tpr：预处理器输出文件，.tpr格式，包含模拟的拓扑结构、坐标和参数信息
- md.mdp：模拟参数文件，.mdp格式，定义分子动力学模拟的运行参数
- topol.top：拓扑文件，.top格式，描述系统的分子组成和连接关系
- 力场参数文件（.itp格式，共7个）：
- ff_dum.itp、ffgmx.itp、ffgmxnb.itp、ffgmxbon.itp、dppc.itp、lipid.itp等，定义分子间相互作用的力场参数
- 分析结果文件：
- orderparameters.xvg、dppc_density.xvg、na_density.xvg：数据文件，.xvg格式，包含序参数、DPPC密度、钠离子密度等统计数据
- density.png：图像文件，.png格式，展示密度相关的可视化结果
适用场景
- 生物物理研究：分析DPPC双层膜在氯化钠溶液中的结构特性与动态行为
- 分子动力学模拟方法验证：测试Berger-DPPC-98力场在电解质环境中的模拟效果
- 膜生物物理分析：研究离子浓度对脂质双层膜密度分布、序参数等物理性质的影响
- 计算生物学教学：作为分子动力学模拟实践的案例数据集，学习模拟设置与结果分析流程
