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Multi_Cost_Based_MDP多成本有界权衡分析实验复现数据
2026年1月22日 30 26 25
数据集概述 本数据集为论文《Multi-Cost Bounded Trade-off Analysis in MDP》的配套实验复现资源，包含用于重复论文实验所需的全部数据与脚本，以压缩包形式提供，支持学术研究中对马尔可夫决策过程（MDP）多成本权衡分析方法的验证与复现。 文件详解 主文件： 文件名称：multi-cost-mdp.zip...
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MD_Based_DPPC_Berger_OPLS06_NaCl_1Mol_scaled_双层膜动力学完整数据
2025年12月21日 30 100 18
数据集概述 本数据集包含完全水合的DPPC双层膜与1摩尔氯化钠的分子动力学（MD）模拟轨迹及相关文件，采用OPLS-AA兼容的Berger-DPPC-06力场，模拟条件为323K，含72个脂质、2778个SPC水分子及51对钠氯离，轨迹时长120纳秒。 文件详解 模拟核心文件：...
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嵌段比例优化阳离子聚丙烯酰胺电场下硝酸盐截留增强分子动力学模拟数据集
2025年12月21日 30 62 27
数据集概述 本数据集包含用于研究嵌段比例优化阳离子聚丙烯酰胺在电场下增强硝酸盐截留性能的分子动力学模拟数据及输入文件，涵盖平衡分子动力学（EMD）和非平衡分子动力学（NEMD）模拟的配置、力场和参数文件，支持复现相关研究结果。 文件详解 该数据集为压缩包格式，内部包含两个核心目录： - EMD/ 目录（平衡MD模拟，GROMACS软件）： -...
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南极动吻动物七个新物种研究表6_南极半岛
2025年12月19日 30 22 3
数据集概述 该数据集为《南极动吻动物：南极半岛七个新物种》研究中的表6，内容是新物种Condyloderes notios sp. nov.的感觉点、管和棘刺的分布位置与特征汇总，按体节和系列排列，包含缺失标本数量等标注。 文件详解 文件名称: table.html 文件格式: HTML (.html) 内容说明:...
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蛋白质空腔与水动力学识别表征工具教程文件_CICLOPv2
2025年12月19日 30 36 2
数据集概述 本数据集是CICLOP v2.0工具的教程文件，该工具用于识别和表征蛋白质空腔及其中的水。数据集包含工具代码、示例文件、环境配置文件和教程文档，为使用该Python工具分析分子动力学轨迹或PDB文件提供支持。 文件详解 工具代码文件: CICLOPv2.0_waterdynamics.py: Python格式，CICLOP...
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SND3膜插入酶分子动力学模拟数据集
2025年12月19日 30 160 148
数据集概述 本数据集包含研究论文“SND3 is the membrane insertase within a distinct SEC61 translocon complex”相关的分子动力学模拟文件，涵盖原子级和粗粒化模拟的参数、配置及分析代码，支持复现研究中的计算与可视化结果。 文件详解 文件名称:...
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OmpF通道残基电离预测的恒pH分子动力学模拟输入输出数据集
2025年12月18日 30 135 89
数据集概述 本数据集包含用于复现OmpF通道残基电离预测恒pH分子动力学（CpH-MD）模拟的输入文件及部分输出文件，作为预印本研究的补充资源，支持模拟可重复性与进一步分析。 文件详解 文件名称：Arxiu.zip 文件格式：ZIP压缩包 压缩包内包含（位于CpH-MD-DPPC目录）： 参数文件（.mdp格式）：恒pH分子动力学模拟参数配置...
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人参皂苷F1生产相关多功能糖苷酶分子模拟数据集
2025年12月16日 30 113 94
数据集概述 该数据集包含人参皂苷F1生产相关的分子对接及动力学模拟数据，针对野生型β-葡萄糖苷酶BgDU及其DUase突变体与底物NG-R1、G-Rg1的结合动态及构象变化，开展了四组独立模拟研究，为糖苷酶结构工程改造提供数据支持。 文件详解 数据集包含四个核心文件夹，具体说明如下： - Docking Structure文件夹： -...
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轴突膜粗粒化模型数据集
2025年12月15日 30 55 24
数据集概述 本数据集提供了轴突膜的粗粒化（CG）模型相关文件，支持分子动力学模拟研究。模型基于MARTINI 2.2力场构建，包含平衡态轴突膜结构、拓扑文件、参数示例及说明文档，为轴突膜力学特性与破裂机制分析提供数据基础。 文件详解 文件名称及格式： axolemma.gro：GROMACS坐标格式文件，存储平衡态轴突膜的结构数据...
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DPPC_Berger_OPLS06_Based_盐环境下DPPC双层膜分子动力学完整数据
2025年12月14日 30 130 81
数据集概述 本数据集包含完全水合的DPPC双层膜在1摩尔氯化钠环境下的分子动力学模拟轨迹及相关文件，采用OPLSAA兼容的Berger-DPPC-06力场，模拟时长120纳秒，分析了最后60纳秒的数据，为研究DPPC膜在盐环境中的结构与动力学提供支持。 文件详解 模拟配置与力场文件：...
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阿卡波糖偏好性葡萄糖苷酶催化代谢分子机制研究补充数据集
2025年12月14日 30 11 3
数据集概述 该数据集为研究论文《阿卡波糖偏好性葡萄糖苷酶催化代谢分子机制》的补充数据，包含分子动力学模拟（MD）和量子力学/分子力学（QM/MM）相关的计算数据，支持对阿卡波糖代谢分子机制的分析。 文件详解 分子结构文件（.xyz格式，10个）：如TS4.xyz、EP1.xyz、ES.xyz等，存储分子动力学模拟和QM/MM计算的坐标数据...
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DMPC双分子层Gromos_53A6_Berger脂质200纳秒模拟数据集
2025年12月14日 30 60 3
数据集概述 本数据集包含DMPC双分子层的200纳秒分子动力学模拟数据，采用Gromos 53A6力场与Berger脂质参数构建，系统含128个DMPC脂质与3655个SPC水分子，共16853个原子，模拟前已平衡52纳秒，提供脂质面积与厚度分析结果。 文件详解 模拟配置与参数文件： dmpc.itp：ITP格式，脂质拓扑参数文件 npt-...
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胆固醇对膜影响的非普遍性研究数据集
2025年12月7日 30 150 138
数据集概述 本数据集包含原子分子动力学模拟的设置文件、参数文件及后处理分析用的修改轨迹，围绕胆固醇对膜的流动性、曲率感知和弹性的非普遍性影响展开，对应2023年发表于《Nature Comm.》的研究。 文件详解 压缩文件： Membrane-...
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Peter_Tieleman_DPPC_Berger_NaCl_Based_1molNaCl下DPPC双层膜MD模拟完整数据
2025年12月6日 30 47 1
数据集概述 该数据集包含1摩尔氯化钠（NaCl）环境下完全水合DPPC双层膜的分子动力学（MD）模拟轨迹及相关文件。采用Berger-DPPC-98力场和Gromos离子力场，模拟条件为323K、72个脂质分子、2778个SPC水分子及51对Na/Cl离子，轨迹时长120纳秒，分析使用最后60纳秒数据。 文件详解 分子动力学参数与拓扑文件：...
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DPPC_Berger_NaCl_scaled分子动力学模拟数据集
2025年12月6日 30 89 50
数据集概述 该数据集包含150mM氯化钠溶液中完全水合的DPPC双层膜的分子动力学模拟轨迹及相关文件。使用Peter Tieleman提供的Berger-DPPC-98力场与Gromacs...
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Gromacs_DPPC_Berger_OPLS06_NaCl_Based_盐溶液中DPPC双层膜120ns模拟完整数据
2025年12月6日 30 65 40
数据集概述 本数据集包含150mM NaCl溶液中完全水合DPPC双层膜的分子动力学（MD）模拟轨迹及相关文件，采用Berger-DPPC-06力场与Gromacs 4.6.7生成，离子电荷缩放系数为0.7，提供120ns模拟数据及后60ns分析结果。 文件详解 模拟轨迹文件: md.xtc: 轨迹文件，存储120ns模拟的原子坐标信息...
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PeterTielemanLab_DPPC_Berger_NaCl_1Mol_Based_盐环境下DPPC双层膜动力学完整数据
2025年12月6日 30 36 14
数据集概述 本数据集包含完全水合的DPPC双层膜在1摩尔氯化钠环境下的分子动力学模拟轨迹及相关文件，基于Berger-DPPC-98力场和Gromacs 5.0.4软件生成，离子电荷缩放系数为0.7，模拟时长120纳秒。 文件详解 分子动力学模拟文件： md.gro：GROMACS结构文件，存储模拟系统的原子坐标与拓扑信息...
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南极动吻动物新物种感官结构汇总表
2025年12月5日 30 42 23
数据集概述 该数据集为《南极动吻动物：南极半岛七个新物种》研究中的表格12，以HTML格式呈现。表格系统性汇总了新物种Echinoderes nataliae sp. nov.各体节（1至11节）的感官点、腺细胞出口、管和刺的分布位置及特征，按体节序列排列，为研究该物种形态结构提供基础数据。 文件详解 文件名称：table.html...
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南极动吻动物棘皮动吻虫新种Echinoderes_ahlfeldae_sp_nov_感觉结构与附属物位置数据表
2025年12月5日 30 113 67
数据集概述 该数据集为论文《Antarctic Kinorhyncha: Seven new species from the Antarctic Peninsula》中的表10，记录了新种棘皮动吻虫Echinoderes ahlfeldae各体节的感觉点、腺细胞出口、管和棘刺等结构的位置与分布信息，为该新物种的形态学描述提供支持。 文件详解...
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小Boc保护赖氨酸环肽的阴离子复合物溶液数据集
2025年11月29日 30 112 39
数据集概述 本数据集记录了含Boc保护侧链的四、五、六元赖氨酸环肽与多种阴离子（氯、溴、碘、硝酸根等）在乙腈（MeCN）和二甲亚砜（DMSO）中的结合特性，包含ITC滴定、NMR测试及分子动力学模拟等实验数据，为研究环肽阴离子受体设计提供支持。 文件详解 该数据集按溶剂分类存储实验数据，具体说明如下： - DMSO溶剂实验数据（位于DMSO/目录下）：...
