OmpF通道残基电离预测的恒pH分子动力学模拟输入输出数据集

数据集概述

本数据集包含用于复现OmpF通道残基电离预测恒pH分子动力学（CpH-MD）模拟的输入文件及部分输出文件，作为预印本研究的补充资源，支持模拟可重复性与进一步分析。

文件详解

• 文件名称：Arxiu.zip
• 文件格式：ZIP压缩包
• 压缩包内包含（位于CpH-MD-DPPC目录）：
• 参数文件（.mdp格式）：恒pH分子动力学模拟参数配置
• 系统拓扑与初始结构文件（.top、.gro等格式）：模拟系统的拓扑结构与初始坐标
• 输出文件（.xvg格式）：gmx cphmd生成的包含lambda值的文件，用于推导滴定曲线

适用场景

• 生物物理模拟研究：复现OmpF通道残基电离预测的恒pH分子动力学模拟
• 蛋白质结构分析：基于模拟输出推导残基滴定曲线，研究OmpF通道的电离特性
• 计算生物学方法验证：验证恒pH分子动力学方法在膜蛋白残基电离预测中的应用效果
• 学术研究补充：作为预印本研究的补充资源，支持相关分析的可重复性