数据集概述
本数据集包含完全水合的DPPC双层膜在1摩尔氯化钠环境下的分子动力学模拟轨迹及相关文件，基于Berger-DPPC-98力场和Gromacs 5.0.4软件生成，离子电荷缩放系数为0.7，模拟时长120纳秒。
文件详解
- 分子动力学模拟文件：
- md.gro：GROMACS结构文件，存储模拟系统的原子坐标与拓扑信息
- md.tpr：GROMACS预处理器文件，包含模拟的拓扑、坐标和参数设置
- md.xtc：轨迹文件，存储原子位置的时间序列数据
- md.edr：能量文件，记录模拟过程中的能量、温度等动力学数据
- md.mdp：模拟参数文件，定义分子动力学模拟的运行参数
- topol.top：拓扑文件，描述整个模拟系统的分子组成和相互作用
- 力场与拓扑文件（.itp格式，共8个）：
- ions_s.itp、lipid.itp、dppc.itp等：定义离子、脂质等分子的内部拓扑结构与相互作用参数
- ffgmxnb.itp、ffgmxbon.itp：GROMACS力场的非键与键相互作用参数文件
- 分析结果文件：
- dppc_density.xvg、na_density.xvg、cl_density.xvg：DPPC、钠离子、氯离子的密度数据文件
- orderparameters.xvg：脂质分子的序参数数据文件
- density.png：密度分析结果的图片文件
数据来源
Peter Tieleman实验室（http://wcm.ucalgary.ca/tieleman/downloads）
适用场景
- 生物物理研究：分析DPPC双层膜在盐环境下的结构与动力学特性
- 分子模拟方法学：验证离子电荷缩放对膜-离子相互作用模拟结果的影响
- 膜生物学研究：探究氯化钠对脂质 bilayer 物理化学性质的调控机制
- 计算生物学教学：作为分子动力学模拟膜系统的案例数据集使用
