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MD_SARS_CoV_2_Spike_Protein电场效应分子动力学模拟数据
2026年1月15日 30 80 64
数据集概述 本数据集包含SARS-CoV-2刺突蛋白片段及计算机模拟突变体在中等外电场下的全原子分子动力学模拟轨迹，部分模拟最终结构通过PyDOCK与ACE2受体进行计算机对接，以评估构象变化的影响。数据集共4个压缩文件，涵盖不同蛋白结构、突变体及对接结果。 文件详解 文件名称：trajectories_6vsb_dt1ns.zip 文件格式：ZIP...
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CHARMM_Drude_OpenMM_7_5_0_PURE_POPE膜分子动力学模拟数据
2026年1月12日 30 46 44
数据集概述 本数据集为采用CHARMM-Drude力场、通过OpenMM 7.5.0模拟引擎生成的纯POPE膜分子动力学模拟数据。包含300纳秒模拟数据（分3个子轨迹，每段100纳秒），共3000帧，采样频率100皮秒，前50纳秒为平衡期已剔除。数据涉及144个POPC脂质分子及5040个SWM4-NPD水分子，含修正时间戳的轨迹文件。 文件详解...
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GROMACS_CHARMM36m_Aβ肽与Cu_II_复合物水_二氯乙烷界面分子动力学模拟数据
2026年1月9日 30 72 6
数据集概述 本数据集包含三种系统的分子动力学模拟输入、参数及轨迹文件：Aβ₁₋₁₆在水/二氯乙烷界面（含TB⁻）、Aβ₄₋₁₆在水/二氯乙烷界面（含TB⁻）、Aβ₄₋₁₆–Cu(II)复合物在水/二氯乙烷界面（含TB⁻）。模拟基于GROMACS 2020.6与CHARMM36m力场，含TB⁻、BA+等有机离子参数，pH...
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甲烷球菌属苹果酸脱氢酶热适应与潜在变构关联数据集
2025年12月23日 30 47 10
数据集概述 本数据集为研究论文《Unraveling the link between thermal adaptation and latent allostery in malate dehydrogenase from...
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MD_Based_DPPC_Berger_OPLS06_NaCl_1Mol_scaled_双层膜动力学完整数据
2025年12月21日 30 114 40
数据集概述 本数据集包含完全水合的DPPC双层膜与1摩尔氯化钠的分子动力学（MD）模拟轨迹及相关文件，采用OPLS-AA兼容的Berger-DPPC-06力场，模拟条件为323K，含72个脂质、2778个SPC水分子及51对钠氯离，轨迹时长120纳秒。 文件详解 模拟核心文件：...
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DPPC_Berger_OPLS06_NaCl_1Mol_Based_磷脂双分子层动力学模拟完整数据
2025年12月21日 30 3 2
数据集概述 该数据集包含1摩尔浓度氯化钠溶液中完全水合的DPPC双层膜的分子动力学模拟轨迹及相关文件，采用OPLSAA兼容的Berger-DPPC-06力场，模拟条件为323K，含72个脂质分子、2778个SPC水分子及51对钠氯离，轨迹时长120纳秒，分析最后60纳秒数据。 文件详解 模拟参数与配置文件： md.mdp：模拟参数文件，记录模拟条件设置...
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蛋白质空腔与水动力学识别表征工具教程文件_CICLOPv2
2025年12月19日 30 196 140
数据集概述 本数据集是CICLOP v2.0工具的教程文件，该工具用于识别和表征蛋白质空腔及其中的水。数据集包含工具代码、示例文件、环境配置文件和教程文档，为使用该Python工具分析分子动力学轨迹或PDB文件提供支持。 文件详解 工具代码文件: CICLOPv2.0_waterdynamics.py: Python格式，CICLOP...
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DPPC_Berger_OPLS06_Based_盐环境下DPPC双层膜分子动力学完整数据
2025年12月14日 30 45 34
数据集概述 本数据集包含完全水合的DPPC双层膜在1摩尔氯化钠环境下的分子动力学模拟轨迹及相关文件，采用OPLSAA兼容的Berger-DPPC-06力场，模拟时长120纳秒，分析了最后60纳秒的数据，为研究DPPC膜在盐环境中的结构与动力学提供支持。 文件详解 模拟配置与力场文件：...
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嵌套压缩分子动力学模拟测试数据集
2025年12月11日 30 131 44
数据集概述 该数据集为嵌套压缩文件测试数据，包含分子动力学模拟（MD）的轨迹文件（XTC格式）和拓扑文件（TPR格式），用于验证代码对嵌套压缩文件结构的处理能力。 文件详解 文件名称: outerzip.zip 文件格式: .zip（压缩文件） 内部嵌套结构及内容: 轨迹文件:...
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测试开发模拟轨迹压缩包
2025年12月9日 30 157 127
数据集概述 本数据集为测试用途压缩包，包含分子动力学（MD）模拟轨迹数据。轨迹数据源自现有数据库，xtc文件缩短至1纳秒以加快下载速度，关联特定出版物，整体用于测试场景。 文件详解 文件名称: zipped.zip 文件格式: .zip（压缩文件） 内容说明: 压缩包内包含分子动力学模拟轨迹数据，其中xtc格式轨迹文件时长为1纳秒，数据源自IDP...
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Peter_Tieleman_DPPC_Berger_NaCl_Based_1molNaCl下DPPC双层膜MD模拟完整数据
2025年12月6日 30 131 70
数据集概述 该数据集包含1摩尔氯化钠（NaCl）环境下完全水合DPPC双层膜的分子动力学（MD）模拟轨迹及相关文件。采用Berger-DPPC-98力场和Gromos离子力场，模拟条件为323K、72个脂质分子、2778个SPC水分子及51对Na/Cl离子，轨迹时长120纳秒，分析使用最后60纳秒数据。 文件详解 分子动力学参数与拓扑文件：...
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DPPC_Berger_NaCl_scaled分子动力学模拟数据集
2025年12月6日 30 189 68
数据集概述 该数据集包含150mM氯化钠溶液中完全水合的DPPC双层膜的分子动力学模拟轨迹及相关文件。使用Peter Tieleman提供的Berger-DPPC-98力场与Gromacs...
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Gromacs_DPPC_Berger_OPLS06_NaCl_Based_盐溶液中DPPC双层膜120ns模拟完整数据
2025年12月6日 30 12 8
数据集概述 本数据集包含150mM NaCl溶液中完全水合DPPC双层膜的分子动力学（MD）模拟轨迹及相关文件，采用Berger-DPPC-06力场与Gromacs 4.6.7生成，离子电荷缩放系数为0.7，提供120ns模拟数据及后60ns分析结果。 文件详解 模拟轨迹文件: md.xtc: 轨迹文件，存储120ns模拟的原子坐标信息...
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PeterTielemanLab_DPPC_Berger_NaCl_1Mol_Based_盐环境下DPPC双层膜动力学完整数据
2025年12月6日 30 198 194
数据集概述 本数据集包含完全水合的DPPC双层膜在1摩尔氯化钠环境下的分子动力学模拟轨迹及相关文件，基于Berger-DPPC-98力场和Gromacs 5.0.4软件生成，离子电荷缩放系数为0.7，模拟时长120纳秒。 文件详解 分子动力学模拟文件： md.gro：GROMACS结构文件，存储模拟系统的原子坐标与拓扑信息...
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人源FBP21串联WW结构域与SmB_B_核心剪接蛋白富含脯氨酸配体的模拟复杂结构数据集
2025年12月4日 30 131 2
数据集概述 本数据集提供人源formin结合蛋白21（h-FBP21）串联WW结构域与天然结合伴侣SmB/B'核心剪接蛋白中富含脯氨酸序列形成的两种模拟复杂结构，包含平行和反平行结合取向及不同WW结构域相对定位。 文件详解 该数据集包含10个文件，具体说明如下： - 说明文档: - README: 无格式文件，提供数据集文件的详细说明。 - 结构文件...
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胰岛素_受体复合物短分子动力学_11埃片段_氨基酸二聚体数据集
2025年11月28日 30 169 104
数据集概述 本数据集包含胰岛素-受体复合物的短分子动力学模拟数据、11埃片段结构数据及氨基酸二聚体数据，涉及分子结构、动力学轨迹及氨基酸相互作用对的信息，为研究胰岛素与受体的结合机制提供数据支持。 文件详解 该数据集按目录分类存储，具体说明如下： - Short-MD目录： - minimized.pdb：胰岛素-...
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淀粉样前体蛋白C99内在无序域跨膜螺旋二聚化与膜外β链形成数据集
2025年11月27日 30 123 88
数据集概述 本数据集围绕淀粉样前体蛋白C99内在无序域展开，包含其在POPC脂质双分子层及150毫摩尔氯化钠水溶液中的构象数据、GENESIS分子动力学模拟参数，以及稀浓度下核磁共振顺磁探针强度比数据，为研究膜外β链形成对跨膜螺旋二聚化的调控提供支持。 文件详解 该数据集按功能划分为以下目录及文件： - C99单体构象目录（C99 monomer...
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蛋白质结构特征编码与聚类数据集ProteinStructureFeatureEncodingandClusteringDataset-kevinsawade
2025年5月1日 30 8 4
蛋白质结构特征编码与聚类数据集ProteinStructureFeatureEncodingandClusteringDataset-kevinsawade 数据来源：互联网公开数据 标签：蛋白质结构, 编码, 聚类分析, 机器学习, 生物信息学, 分子动力学, 结构预测, 数据分析 数据概述：...
