数据集概述
本数据集为采用CHARMM-Drude力场、通过OpenMM 7.5.0模拟引擎生成的纯POPE膜分子动力学模拟数据。包含300纳秒模拟数据（分3个子轨迹，每段100纳秒），共3000帧，采样频率100皮秒，前50纳秒为平衡期已剔除。数据涉及144个POPC脂质分子及5040个SWM4-NPD水分子，含修正时间戳的轨迹文件。
文件详解
- step2_drude.str
- 文件格式：STR
- 字段映射介绍：包含模拟系统的结构参数信息
- step2_drude.psf
- 文件格式：PSF
- 字段映射介绍：蛋白质结构文件，记录分子拓扑结构信息
- step2_drude.pdb
- 文件格式：PDB
- 字段映射介绍：蛋白质数据库文件，存储分子三维结构坐标
- state.xml
- 文件格式：XML
- 字段映射介绍：模拟状态的元数据文件
- unwrapped_all_fixed_dt.xtc
- 文件格式：XTC
- 字段映射介绍：修正时间戳的轨迹文件，包含3000帧模拟数据，采样频率100皮秒
- step5_production.inp
- 文件格式：INP
- 字段映射介绍：模拟输入参数文件，记录生产模拟的设置信息
适用场景
- 生物膜结构研究：分析纯POPE膜在分子动力学模拟中的结构变化与稳定性
- 力场验证：评估CHARMM-Drude力场对生物膜系统模拟的准确性
- 分子动力学模拟方法优化：研究OpenMM 7.5.0引擎在生物膜模拟中的性能与参数设置
- 生物物理机制分析：探索生物膜与水分子的相互作用及动力学行为
- 轨迹数据分析方法开发：基于修正时间戳的轨迹文件，开发或验证分子动力学轨迹分析算法
