数据集概述
本数据集围绕淀粉样前体蛋白C99内在无序域展开，包含其在POPC脂质双分子层及150毫摩尔氯化钠水溶液中的构象数据、GENESIS分子动力学模拟参数，以及稀浓度下核磁共振顺磁探针强度比数据，为研究膜外β链形成对跨膜螺旋二聚化的调控提供支持。
文件详解
该数据集按功能划分为以下目录及文件：
- C99单体构象目录（C99 monomer conformations/）：
- protein+phosphorus.pdb：PDB格式文件，记录单体蛋白与磷元素的结构信息
- gREST_last300ns_310.15K_protein+phosphorus.xtc：XTC格式文件，存储310.15开尔文下最后300纳秒的gREST模拟轨迹
- C99同源二聚体构象目录（C99 homodimer conformations/）：
- proteins+phosphorus.pdb：PDB格式文件，记录二聚体蛋白与磷元素的结构信息
- gREST_last300ns_310.15K_proteins+phosphorus.xtc：XTC格式文件，存储310.15开尔文下最后300纳秒的gREST模拟轨迹
- 簇中心PDB文件（Cluster center PDBs/）：包含cluster3_center.pdb等多个PDB文件，记录不同聚类中心的构象
- 簇轨迹文件（Cluster trajectories/）：包含cluster1.xtc等多个XTC文件，记录各聚类的模拟轨迹
- GENESIS gREST模拟输入目录（GENESIS gREST simulation input/）：
- 单体子目录（C99 monomer/）：包含par_all36_lipid.prm参数文件、gREST_GENESIS_input.inp输入文件等模拟所需参数与拓扑文件
- 二聚体子目录（C99 homodimer/）：包含par_all36m_prot.prm参数文件、structure_topology.psf拓扑文件等模拟所需参数与拓扑文件
- NMR顺磁探针强度比目录（NMR paramagnetic probe intensity ratios/）：
- Gd_POPC.csv、DSA_SCOR.csv、Gd_SCOR.csv：CSV格式文件，记录不同顺磁探针下的强度比值数据
适用场景
- 蛋白质结构生物学研究：分析C99蛋白在膜环境中的构象变化规律
- 分子动力学模拟验证：用于复现或扩展gREST模拟方法对跨膜蛋白二聚化的研究
- 核磁共振数据关联分析：探究顺磁探针强度比与蛋白构象的关系
- 神经退行性疾病机制研究：辅助理解淀粉样前体蛋白加工与β淀粉样蛋白形成的分子机制
