数据集概述
该数据集包含人参皂苷F1生产相关的分子对接及动力学模拟数据，针对野生型β-葡萄糖苷酶BgDU及其DUase突变体与底物NG-R1、G-Rg1的结合动态及构象变化，开展了四组独立模拟研究，为糖苷酶结构工程改造提供数据支持。
文件详解
数据集包含四个核心文件夹，具体说明如下：
- Docking Structure文件夹：
- 包含PDB格式坐标文件，为分子对接结果文件
- 内容：野生型BgDU及DUase突变体的AlphaFold3预测结构、PubChem提取的底物结构、蛋白-配体对接复合物结构，作为分子动力学模拟的初始结构
- MD Structure文件夹：
- 包含PDB格式坐标文件，为50纳秒生产模拟关键时间点的快照
- 内容：每组模拟系统在0ns、10ns、20ns、30ns、40ns、50ns的结构文件
- Topology文件夹：
- 包含.itp格式拓扑文件，定义底物NG-R1和G-Rg1的力场参数
- 内容：Multiwfn计算的RESP2原子电荷、sobtop生成的GROMACS兼容ITP文件
- MDP文件夹：
- 包含.mdp格式文件，为GROMACS模拟协议的参数控制文件
适用场景
- 酶工程研究：分析糖苷酶结构与底物结合特性的关系，指导酶分子改造
- 药物生产优化：探究人参皂苷F1高效生产的分子机制
- 计算生物学研究：验证分子动力学模拟方法在酶-底物相互作用研究中的应用
- 天然产物转化研究：解析糖苷酶对不同人参皂苷底物的选择性催化机制
