数据集概述
本数据集为《溶菌酶配体-蛋白质相互作用双分辨率模型研究》的支持数据，包含结合自由能计算结果（湮灭法、解耦法）、模拟轨迹及参数调优数据，覆盖全原子与双分辨率模拟，支持不同计算工具结果对比。
文件详解
该数据集包含压缩目录、图表及说明文档，具体如下：
- 核心目录（压缩文件）：
- annihilation.zip：湮灭法结合自由能计算结果，含complex（全原子配体-蛋白质模拟）、ligand（全原子配体溶剂化模拟）子目录，覆盖ESPResSo++和GROMACS工具
- decoupling.zip：解耦法结合自由能计算结果，含complex-DualRes（双分辨率模拟）、complex-FullyAT（全原子模拟）、ligand（全原子配体溶剂化模拟）子目录，仅ESPResSo++工具结果
- density.zip：残基空间排斥c参数调优数据，用于匹配全原子模拟的水密度值
- 结果图表：
- deltaG_binding_ann_dec_comparison.png：湮灭法与解耦法结合自由能计算结果对比图
- deltaG_binding_annih_gromacs_espp.png：GROMACS与ESPResSo++工具结合自由能计算结果对比图
- deltaG_binding_ann_dec_comparison.agr：图表源文件（.agr格式）
- 说明文档：
- README.pdf：目录结构及内容详细说明文档
适用场景
- 计算生物学研究：验证双分辨率模型在蛋白质-配体相互作用模拟中的准确性
- 分子动力学方法对比：分析不同计算工具（ESPResSo++、GROMACS）的模拟结果差异
- 结合自由能计算优化：探究湮灭法与解耦法在配体结合能预测中的适用性
- 计算参数调优：研究残基空间排斥参数对模拟水密度的影响机制
