数据集概述
本数据集基于美国怀俄明州406头骡鹿的4051个单核苷酸多态性（SNP）标记，分析其遗传结构与环境变量的关联，识别影响基因流动的景观因素，揭示不同遗传群体功能连通性的区域差异，为迁徙物种保护提供依据。
文件详解
- 说明文档类：
- readme.txt：TXT格式，介绍数据集的文件清单及研究背景
- BioinformaticsWorkflow.txt：TXT格式，记录生物信息学分析流程
- WGFD_MuleDeerHuntAreas2015.pdf：PDF格式，怀俄明州骡鹿狩猎区地图
- rfseqProtocol.pdf：PDF格式，简化基因组测序实验方案
- 数据文件类：
- SampleData.csv：CSV格式，样本信息表，包含样本ID、采集年份、性别、狩猎区、遗传群体分配等字段
- SNP_genotypes.vcf：VCF格式，4051个SNP位点的基因型数据
- VariableCorrelationMatrix_statewide.csv：CSV格式，全州尺度环境变量相关矩阵，包含海拔、森林、草地、公路等变量
- VariableCorrelationMatrix_south.csv：CSV格式，南部遗传群体环境变量相关矩阵
- VariableCorrelationMatrix_west.csv：CSV格式，西部遗传群体环境变量相关矩阵
- MultivariateResults_south.csv：CSV格式，南部群体多变量分析结果
- MultivariateResults_west.csv：CSV格式，西部群体多变量分析结果
- 代码文件类：
- LandscapeGenetics.R：R格式，景观遗传学分析代码
- PCA.R：R格式，主成分分析代码
- ExcessHeterozygosity.R：R格式， excess杂合度分析代码
- parse_barcodes.pl：PL格式，条形码解析脚本
- vcf2mpgl.pl：PL格式，VCF转MPGL格式脚本
- splitFastq.pl：PL格式，Fastq文件拆分脚本
适用场景
- 野生动物保护研究：评估景观特征对迁徙物种基因流动的影响
- 景观遗传学分析：探究环境变量与遗传结构的关联机制
- 生物信息学应用：复现基因组数据处理与多变量统计分析流程
- 迁徙物种管理：为骡鹿栖息地连通性保护提供科学依据
- 遗传多样性研究：分析不同地理种群的遗传分化模式
