数据集概述
本数据集围绕美国西北太平洋沿岸花旗松（Pseudotsuga menziesii var. menziesii）的种子真菌组展开，通过培养和非培养技术分析九个种源的种子真菌构成，识别出四个核心真菌类群，为研究种子核心微生物组及其对幼苗生长的功能影响提供数据支持。
文件详解
- 数据文件：
- clust.OTU.table.csv（CSV格式）：OTU丰度表，记录各操作分类单元（OTU）在样本中的丰度数据
- clust.OTU.taxonomy.csv（CSV格式）：OTU分类信息表，包含Kingdom、Phylum、Class等分类层级字段
- culture_freq.csv（CSV格式）：培养法获得的真菌频率数据
- usa.nmds.geo.csv（CSV格式）：NMDS分析的地理坐标数据
- Clust.meta.tab.rds（RDS格式）：样本元数据文件
- Clust.otu.tab.rds（RDS格式）：OTU丰度表（R语言格式）
- clust.phy.rds、clust2.5.phy.rds、clust.rich.phy.rds（RDS格式）：系统发育树数据
- 代码文件：
- core_identification.R（R格式）：核心真菌类群识别的R脚本
- data_analysis.R（R格式）：数据分析主脚本
- Bergmann_PSME_seed_mycobiome.Rproj（Rproj格式）：R项目文件
- 结果文件：
- NMDS.all.pdf、NMDS.vectors.USA.pdf、core.orders.pdf、orders.all.pdf（PDF格式）：NMDS分析、核心类群分类阶元等结果图表
- 说明文件：
- README（无格式）：项目说明文档，包含作者、期刊信息及依赖包说明
适用场景
- 森林生态学研究：分析花旗松种子真菌组的地理变异规律
- 微生物组学研究：验证植物种子核心微生物组的存在及跨地理尺度稳定性
- 林木培育应用：探究核心真菌类群对花旗松幼苗萌发、生长的功能影响
- 生物信息学分析：复现真菌组OTU聚类、分类注释及NMDS分析流程
